医学图像标注工具教程——从零开始使用ITK-SNAP进行医学图像手动分割

从零开始使用ITK-SNAP进行医学图像手动分割

下载与安装

官网下载地址:点击这里
建议选择3.6.0稳定版,安装根据提示进行安装。

文件载入

要求文件路径及名称不包含中文,载入方式有两种。第一种是直接拖动较为简单,可以拖入单张图片或者文件夹。第二种是进入软件界面点击左上角的File,然后选择Open Main Image。
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接着在以下界面中选择要读取的dicom文件格式,单张dicom或者序列或者其他。注意路径中一定不能有中文否则会报错。除了dicom文件之外还可以处理NiFFTI、NRRD、VTK等其他格式的医学图像。
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手动分割

读取完图片之后进入软件界面,需要进行操作的主要在左侧toolbox。画面大小可以通过按住鼠标右键拖动进行调整,左键调整画面位置。
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套索标注

套索标注有两个选项,Smooth和Polygon,推荐选用Smooth来进行拖动鼠标画取消,Polygon为给定关键点生成折线比较糙一些。画好外圈轮廓之后摁回车即可生成标注。
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画笔标注

在这一功能中可以使用类似画笔工具对标注的mask进行修改,在这个功能下左键是画笔,右键是橡皮。可以通过brush style和brush size调整笔头的形状和大小。
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分割结果保存

在工具栏的Segmentation中选择 Save Segmentation Image,确定好路径和名称(不能包含中文),点击Finish即可。也可以保存为其他格式供选择。
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