如何为每个k值运行STRUCTURE命令n次？

Question

我通过使用该命令（仅对于每个K 1次运行）上运行的一些结构分析，并设置K = {1..10}：

 
for k in seq 10 
do 
    python /home/ubuntu/bin/fastStructure/structure.py -K $k --input=../file.snps --output=snpl525D --format=str 
done 

代替针对每个K 1点运行，现在我想每K可获得15次运行。请你帮我修改上面的代码来完成这项工作吗？感谢

Answer 1

这应该做你所需要的。这里，在原始循环中添加了另一个for循环。

 
for k in $(seq 10) 
do 
    # iterate 15 times for each k 
    for n in $(seq 15) 
    do 
     python /home/ubuntu/bin/fastStructure/structure.py -K $k --input=../file.snps --output=snpl525D --format=str 
    done 
done 

根据的，而不是for n in $(seq 15)你的喜好，你可以使用for n in {1..15}。他们会得到相同的结果。这类似于您现有的循环for k in $(seq 10)，它也可能是for k in {1..10}

Answer 2

您可以使用另一种seq电话：

for k in $(seq 10); do 
    for run in $(seq 15); do 
     python /home/ubuntu/bin/fastStructure/structure.py -K $k --input=../file.snps --output=snpl525D --format=str 
    done 
done