带圆点的旋转子图形

Question

我试图用graphviz来表示一个双向图形结构。假设我有3个节点A，B,C，对应于DNA片段。我想要表示每个节点内部的一些结构，而且还要表示节点之间的关系，我们假设它是A+ -> B- -> C+。也就是说，A中的正链在B之后是负链，然后是在C中的正链。我能想出的最好的是：

digraph G { 
    subgraph cluster_A { 
    Aa0 -> Ab0 
    Ab1 -> Aa1 
    {rank=same; Aa0 Aa1} 
    {rank=same; Ab0 Ab1} 
    } 
    subgraph cluster_B { 
    Ba0 -> Bb0 
    Bb1 -> Ba1 
    {rank=same; Ba0 Ba1} 
    {rank=same; Bb0 Bb1} 
    } 
    subgraph cluster_C { 
    Ca0 -> Cb0 
    Cb1 -> Ca1 
    {rank=same; Ca0 Ca1} 
    {rank=same; Cb0 Cb1} 
    } 
    Ab0 -> Bb1 
    Bb0 -> Ab1 
    Ba1 -> Ca0 
    Ca1 -> Ba0 
} 

这里，a/b标签对应5'/3'结束，并0/1标签对应于正/负链。我得到的是：

我的主要问题是：是否有可能告诉dot*旋转单个子图，同时保持它们的内部结构是否完整？在这个例子中，我希望B可以上下颠倒。如果这是不可能的，是否有任何黑客可以做到这一点？像引入隐藏节点一样，在节点/边上放置权重？我不熟悉graphviz/dot，我不知道它能做什么。

为了澄清，我想在每个群集（除5'和3'两端之外）中表示更多结构，并且该结构在群集内应该一致。但我并不知道每个集群的最佳方向，我想让dot来计算。

Answer 1

出场顺序

digraph G { 
    subgraph cluster_A { 
    Aa0 -> Ab0 
    Ab1 -> Aa1 
    {rank=same; Aa0 Aa1} 
    {rank=same; Ab0 Ab1} 
    } 
    subgraph cluster_B { 
    Bb1 -> Ba1 
    Ba0 -> Bb0 
    {rank=same; Ba0 Ba1} 
    {rank=same; Bb0 Bb1} 
    } 
    subgraph cluster_C { 
    Ca0 -> Cb0 
    Cb1 -> Ca1 
    {rank=same; Ca0 Ca1} 
    {rank=same; Cb0 Cb1} 
    } 
    Ab0 -> Bb1 
    Bb0 -> Ab1 
    Ba1 -> Ca0 
    Ca1 -> Ba0 
}