如何从二元矩阵做R Vennerable Venn图?
问题描述:
基本示例的检查显示Vennerable输入必须包含一个向量列表here。 所以我做的,我需要有二进制p值矩阵,并尝试基于他们的共同特点如何从二元矩阵做R Vennerable Venn图?
library("Vennerable")
library('limma') # vennCounts, vennDiagram
library("psych")
ids <- seq(1,11)
M.cor <- cor(mtcars)
colnames(M.cor) <- ids
rownames(M.cor) <- ids
p.mat <- psych::corr.test(M.cor, adjust = "none", ci = F)
alpha <- 0.000000005
lista <- list(
as.vector(p.mat[["p"]] < alpha),
as.vector(p.mat[["r"]] < alpha),
as.vector(p.mat[["t"]] < alpha)
)
# List of 3 vectors
Vstem <- Venn(lista)
plot(Vstem, doWeights = TRUE, type = "circles")
图1输出错误
预计将创造一个维恩图如下输出:三个圆
STOUT
List of 3
$ : logi [1:121] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE ...
$ : logi [1:121] FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE ...
$ : logi [1:121] FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE ...
Formal class 'Venn' [package "Vennerable"] with 2 slots
[email protected] IndicatorWeight : int [1:8, 1:4] 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 ...
.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. ..$ : chr [1:8] "000" "100" "010" "110" ...
.. .. ..$ : chr [1:4] "1" "2" "3" ".Weight"
[email protected] IntersectionSets:List of 8
.. ..$ 000: NULL
.. ..$ 100: NULL
.. ..$ 010: NULL
.. ..$ 110: NULL
.. ..$ 001: NULL
.. ..$ 101: NULL
.. ..$ 011: NULL
.. ..$ 111: logi [1:2] TRUE FALSE
的Vennerable维恩图
R:3.3.1
OS:Debian的8.5
相交外观喜欢它使用TRUE/FALSE(0/1)作为标签,我怀疑这是什么意图。尝试使用'which'代替标签,例如'which(p.mat [[“p”]]
user20650
@ user20650这似乎是正确的。我提到了一个关于它的wiki。然而,那些大的0区却很奇怪。 –
是不正确的。我没有这样安装,所以不能帮助,但它看起来像圆的大小缩放到计数,但相交不缩放:也许有这样的论点? [第二个想法,在某些情况下,编号认为,也缩放这些将使它很难(如果不是不可能的话)安排部分) – user20650