awk解析输入并删除字段中的文本
问题描述:
尝试使用awk
解析文件,但没有获得所需的输出,我似乎无法弄清楚。谢谢 :)。awk解析输入并删除字段中的文本
input.txt中
chr1 955543 955763 AGRN-6|pr=2|gc=75 0 +
chr1 957571 957852 AGRN-7|pr=3|gc=61.2 0 +
chr1 970621 970740 AGRN-8|pr=1|gc=57.1 0 +
电流output.txt的
chr1 955543 955763 AGRN-6 pr=2 gc=75 0 +
chr1 957571 957852 AGRN-7 pr=3 gc=61.2 0 +
chr1 970621 970740 AGRN-8 pr=1 gc=57.1 0 +
期望output.txt的(|pr=2|gc=75 0
,和线条之间的空间)从输出除去
chr1 955543 955763 AGRN-6 +
chr1 957571 957852 AGRN-7 +
chr1 970621 970740 AGRN-8 +
这是我曾尝试:
awk -F"[*|]" '{print $1, $2, $3, $4, $5, $6,}' input.txt > output.txt
答
你可以这样做:
awk -F '[[:blank:]]+|\\|' '{print $1, $2, $3, $4, $NF}'
这就给了你想要的领域,但它不留间隔。这将:
awk '{sub(/\|[^[:blank:]]+[[:blank:]]+[0-9]+/, ""); print }' <<END
chr1 955543 955763 AGRN-6|pr=2|gc=75 0 +
chr1 957571 957852 AGRN-7|pr=3|gc=61.2 0 +
chr1 970621 970740 AGRN-8|pr=1|gc=57.1 0 +
END
chr1 955543 955763 AGRN-6 +
chr1 957571 957852 AGRN-7 +
chr1 970621 970740 AGRN-8 +
答
也许最简单的解决方案:
awk -F"|" '{print $1" +"}' input.txt > output.txt
在此解决方案,然而,后 “+” 被手动添加。输出:
chr1 955543 955763 AGRN-6 +
chr1 957571 957852 AGRN-7 +
chr1 970621 970740 AGRN-8 +
否则,请尝试
awk -F"[| ]+" '{print $1, $2, $3, $4, $8}' input.txt > output.txt
其输出
chr1 955543 955763 AGRN-6 +
chr1 957571 957852 AGRN-7 +
chr1 970621 970740 AGRN-8 +
答
另一种选择(如果你不介意的输出间距)
$ awk '{split($4,a,"|"); print $1,$2,$3,a[1],$NF}' file
chr1 955543 955763 AGRN-6 +
chr1 957571 957852 AGRN-7 +
chr1 970621 970740 AGRN-8 +