如何使用在别处创建的预集群数据在R中创建树状图？

Question

我有用Java编写的集群代码，从中我可以创建一个嵌套的树结构，例如，下面显示了第一次迭代中聚集了两个“isRetired”对象的树的一小部分，并且该组在第五次迭代中与“setIsRequired”聚类。括号中显示了簇中对象之间的距离。

|+5 (dist. = 0.0438171125324851) 
    |+1 (dist. = 2.220446049250313E-16) 
     |-isRetired 
     |-isRetired 
    |-setIsRetired 

我宁愿出现在更传统的树状图的风格我的结果，它看起来像R有一些不错的功能，但因为我知道关于R非常小，我是如何利用他们不清楚。

是否有可能将Java结构写入文件，然后用几行R代码生成树形图？从R计划，我想这样做：（？一“hclust”对象）从一个文件

1. 读入的数据结构
2. 转换数据结构为树形图（使用“作为-dendrogram情节‘

我想问题归结为R是否提供了从文件中读取并且该字符串输入转换成（hclust一种简单的方法“？）

使用显示树形图’）对象。如果是这样，输入文件中的数据应该是什么样子？

Answer 1

我认为你要找的是phylog。您可以用Newick符号将文件打印在文件中，解析出来并构建一个可轻松可视化的phylog对象。网页的结尾给出了一个如何做到这一点的例子。你也可以考虑phylobase。尽管您不希望这些包提供的全部功能，但您可以搭载它们用于表示树和其绘图功能的构造。

编辑：它看起来像一个类似的问题已经问here之前提供了一个更简单的解决方案。所以基本上，你需要在这里编码的唯一东西就是你的Newick解析器或者你想从Java输出的任何其他表示的解析器。

Answer 2

ape（分析系统发育和进化）软件包包含树状图绘制功能，并且它能够读取Newick format中的树。因为它是一个可选包，你需要install它。理论上容易使用，例如以下命令可以生成一个树状图：

> library("ape") 
> gcPhylo <- read.tree(file = "gc.tree") 
> plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE) 

我的主诉迄今的是，很少有诊断信息时，有含在Newick格式树信息的文件的语法麻烦。我已经成功地用其他工具读取这些相同的文件（在某些情况下，这可能是因为这些工具在语法上可以忽略某些错误）。

您还可以使用phylog软件包生成树状图，如下所示。

> library(ade4) 
> newickString <- system("cat gc.tree", intern = TRUE) 
> gcPhylog <- newick2phylog(newickString) 
> plot(gcPhylog, clabel.nodes=1) 

既可以在Newick格式树木工作，都有许多绘图选项。