读取具有可变列的文件

Question

我试图在xyz文件中读入python，但不断收到这些错误消息。有点新的Python，所以会喜欢一些帮助解释它！

def main(): 
    atoms = [] 
    coordinates = [] 
    name = input("Enter filename: ") 
    xyz = open(name, 'r') 
    n_atoms = xyz.readline() 
    title = xyz.readline() 
    for line in xyz: 
     atom, x, y, z = line.split() 
     atoms.append(atom) 
     coordinates.append([float(x), float(y), float(z)]) 
    xyz.close() 

    return atoms, coordinates 


if __name__ == '__main__': 
    main() 

---

Error: 
Traceback (most recent call last): 
    File "Project1.py", line 25, in <module> 
    main() 
    File "Project1.py", line 16, in main 
    atom, x, y, z = line.split() 
ValueError: not enough values to unpack (expected 4, got 3) 

我认为值误差是因为几行后，只有3个值。但不知道为什么我得到返回错误。

Answer 1

一个非常重要的经验法则，特别是在python中是：不要重新发明*并使用现有的库。

xyz文件是化学中少数普遍使用的文件格式之一。所以恕我直言，你不需要任何逻辑来确定你的线的长度。第一行是一个整数n_atoms并给出了原子数，第二行是一个被忽略的注释行，下一个n_atoms行是[string, float, float, float]，因为您已经写入了代码。与此不同的文件可能已损坏。

使用pandas library可以简单的写：

import pandas as pd 
molecule = pd.read_table(inputfile, skiprows=2, delim_whitespace=True, 
         names=['atom', 'x', 'y', 'z']) 

或者你使用chemcoord包，其中有代表在直角坐标系的分子自身的笛卡尔类：

import chemcoord as cc 
molecule = cc.Cartesian.read_xyz(inputfile) 

免责声明：我是作者chemcoord。

Answer 2

，因为你在该行

atom, x, y, z = line.split() 

时才有意义解包的列表，如果有该行4项你得到的错误。

你必须定义的时候只有3个在行项目，像这样（在for环路内）会发生什么逻辑：

for line in xyz: 
    line_data = line.split() 
    if len(line_data) == 3: 
     # Behavior when only 3 items in a line goes here! 
     # Add your code here! 
     continue 

    atom, x, y, z = line_data 
    atoms.append(atom) 
    coordinates.append([float(x), float(y), float(z)]) 

时遇到行只有3你的程序在做什么项目取决于你想要的东西。