在scipy中删除/设置稀疏矩阵的非零对角线元素

问题描述：

说我想从scipy.sparse.csr_matrix中删除对角线。有没有这样做的有效方式？我看到在sparsetools模块中有C函数返回对角线。在scipy中删除/设置稀疏矩阵的非零对角线元素

基于其他SO回答here和here我目前的做法是：

def csr_setdiag_val(csr, value=0): 
    """Set all diagonal nonzero elements 
    (elements currently in the sparsity pattern) 
    to the given value. Useful to set to 0 mostly. 
    """ 
    if csr.format != "csr": 
     raise ValueError('Matrix given must be of CSR format.') 
    csr.sort_indices() 
    pointer = csr.indptr 
    indices = csr.indices 
    data = csr.data 
    for i in range(min(csr.shape)): 
     ind = indices[pointer[i]: pointer[i + 1]] 
     j = ind.searchsorted(i) 
     # matrix has only elements up until diagonal (in row i) 
     if j == len(ind): 
      continue 
     j += pointer[i] 
     # in case matrix has only elements after diagonal (in row i) 
     if indices[j] == i: 
      data[j] = value

然后我用

csr.eliminate_zeros()

遵循的是最好的，我可以做到不写我的拥有Cython的代码？

是'scr_matrix.setdiag'不够？ –

'setdiag'接受一个数组，并设置先前不在矩阵中的元素。因此向矩阵中添加新元素的代价很高，但我没有对它们进行比较。 – Midnighter

如何创建一个新的稀疏矩阵与你想要删除的对角线，并减去它？您可能需要运行“压缩”功能才能完全删除条目。 – hpaulj

答

根据@ hpaulj的评论，我创建了一个IPython Notebook can be seen on nbviewer。这说明了所有方法中提到以下是最快的（假设mat是一个稀疏矩阵CSR）：

mat - scipy.sparse.dia_matrix((mat.diagonal()[scipy.newaxis, :], [0]), shape=(one_dim, one_dim))

在scipy中删除/设置稀疏矩阵的非零对角线元素

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