出现空白图像
问题描述：
我正在使用simpleITK以.mha格式处理MRI图像。随后我将它转换成一个numpy数组。我能够使用matplotlib可视化图像。但是，如果我执行任何预处理，或者我通过二进制掩码乘以图像，我所得到的只是一张空白图像。有什么我失踪了。我的简化代码如下所示。出现空白图像
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha')
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image)
plt.imshow(input_array[0,:,:],cmap = 'gray') # I get an image for this. No preprocessing has been performed.
plt.show()
# However, if I replace input_array after preprocessing, I get a black square.
我认为这与数据范围有关，但我无法确定在哪里。在预处理之前可视化的图像最大值为744.预处理后，此值降至4，即出现问题时。任何指向我可能会出错的地方？
答
你应该在任何处理之前检查你的图像像素类型。您正在测试的MRI图像量具有sitkInt32（有符号32位整数）像素类型。所以你的处理（例如你的分割操作）很可能会使你的像素值变为零，并且你会得到黑色的图像。 您可以投你的形象使用SimpleITK浮动：
input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha')
print(input_image.GetPixelIDTypeAsString())
input_image = sitk.Cast(input_image,sitk.sitkFloat32)
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image)
或处理之前更改numpy的数组数据类型：
input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha')
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image)
input_array = input_array.astype(np.float32)
了解更多关于像素类型的SimpleITK Image Basics notebook。
尝试检查预处理后数据的最小值和最大值。另外请确保你没有创建NaN或任何会出现屏蔽的值。这是为了确保问题不是你的数据，而是情节本身。如果可能，你可以提供一个随机的例子，以便其他人可以自行测试吗？ – armatita
预处理后的数据落在0到4的范围内。数据中没有NaN。这是包含标签的图像（https://drive.google.com/open?id=0BwD-ZZ_dzJIgaF83aTljWUtVLVU），用于预处理MRI图像。此链接（https://drive.google.com/open?id=0BwD-ZZ_dzJIgaWpSREZPRGxFQjg）MRI图像。 – Raghuram
因此，RF分类图像有7个标签。标签1是白色物质。标签4,5,6和7是肿瘤区域。 – Raghuram