数学SequenceAlignment SimilarityRules

Question

在Mathematica的选项SimilarityRules http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/SimilarityRules.html 为SequenceAlignment http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/SequenceAlignment.html 是推动simmilarity矩阵的可能性 - 如 “闯天关” “BLOSUM62” “BLOSUM80” “PAM30” “PAM70” “PAM250”。 如果我想用我自己的东西呢？ 我必须用{{a_，a _} - > 1，{a_，b _} - > - 1}等来定义每个字母的组合吗？ 或者有没有可能写我自己的并将它作为矩阵存储，而不是导入它？用mathematica的矩阵定义这样的对象最快的选择是什么？

任何帮助将理解的，

干杯， 米。

Answer 1

我做了“BLOSUM”（命名规则相似矩阵的一个），一个grep来看到它的定义和发现及其实施机制的希望。我发现它似乎是在名为SimilarityScoreMatrices.mx的文件中定义的，该文件是一个二进制Mathematica文件，大致相当于编译语言中的目标文件。我还查找了带有“BLOSUM”的文件，但没有找到，这就是说，看起来Wolfram并不打算将这些名称扩展，因为如果他们这样做了，机制可能会在文档中发现，或者至少通过

但是那种狩猎我做的，你仍然可以做你想做的，如果你建立你的规则列表，你可以用DumpSave[]将其写入到一个二进制图像，并使用Get[]阅读他们回来。

最后一点，SimilarityRules看起来非常像Mathematica的SparseArray规则。我不会惊讶地发现，命名的相似性规则矩阵实际上只是SparseArrays，也许你不会失去任何效率传递r在Mathematica正在用矩阵做什么。它甚至可能是你可以通过一个SpareArray，但它没有被记录下来，我没有尝试过。