doMPI错误：系统中没有足够的插槽可用于满足应用程序请求的2个插槽

Question

我试图让我的本地机器上运行doMPI程序包，以便我可以在它之前对其执行测试将作业提交给群集。我正在使用Mac OSX Yosemite并通过brew安装了开放的mpi 2.0.2。

mpirun -V

mpirun (Open MPI) 2.0.2

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

我已阅读过引进了doMPI我试图在演示

mpirun -H localhost R --slave -f sincMPI.R

不幸的是，我得到不断收到以下错误执行的例子。我搜索了一下，但似乎无法弄清楚什么可能是错的。

> Loading required package: foreach Loading required package: iterators 
> Loading required package: Rmpi 
> -------------------------------------------------------------------------- 
> There are not enough slots available in the system to satisfy the 2 
> slots that were requested by the application: 
> /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript 
> 
> Either request fewer slots for your application, or make more slots 
> available for use. 
> -------------------------------------------------------------------------- 
> Error in mpi.comm.spawn(slave = rscript, slavearg = args, nslaves = 
> count, : MPI_ERR_SPAWN: could not spawn processes Calls: 
> startMPIcluster -> mpi.comm.spawn -> .Call Execution halted 
> ------------------------------------------------------- 
> Primary job terminated normally, but 1 process returned a non-zero exit code.. 
>Per user-direction, the job has been aborted. 
> ------------------------------------------------------- 
> -------------------------------------------------------------------------- 
> mpirun detected that one or more processes exited with non-zero 
> status, thus causing the job to be terminated. The first process to do 
> so was: 
> 
> Process name: [[27630,1],0] Exit code: 1 

编辑：基于下面

答案曾任指定的测试的结果：

mpirun -H localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R 

我从startMPIcluster（）拿出数= 2，它也工作了。

startMPIcluster() #in sincMPI.R 
mpirun -H localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R 

如果取出count = 2，则可以改变mpi run中的主机数量。在这里我指定了四个主机。

startMPIcluster() #in sincMPI.R 
mpirun -H localhost,localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R 

您甚至可以使用此方法来指定超过可用内核数量。我有8个（逻辑）内核，但我可以指定9个主机并运行。

mpirun -H localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R 

但是，你不能把数= 9成startMPIcluster（）

startMPIcluster(count=9) 
Error in startMPIcluster(count = 9) :  
    count must be either unspecified, or set to 8 
Execution halted 

所以，也许测试MPI在Mac上最好的办法是在startMPIcluster不设定计数和使用-H来控制任务的数量？

Answer 1

通过使用mpirun -H localhost选项，MPI Universe大小只有一个，并且导致mpi.comm.spawn在示例调用startMPIcluster时失败。如果您使用-H localhost,localhost,localhost，则Universe大小将为3，并且该示例应该可以工作。

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更新

注意在一台计算机上的交互模式下执行时（也就是，当我使用的mpirun 不），我只叫startMPIcluster与计数的说法。当使用mpirun执行doMPI脚本时，我发现通过mpirun控制工作人员的数量更容易。