通过GDCRNATools下载TCGA数据的时报错怎么办

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TCGA 数据下载

通过GDCRNATools下载TCGA数据的时候出现了以下的报错:

通过GDCRNATools下载TCGA数据的时报错怎么办

gdc-client软件安装和配置

  1. 下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载Mac版本。

  2. 通过GDCRNATools下载TCGA数据的时报错怎么办

  3. 将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在了Documents/TCGA数据下载中

 

下载数据

  1. 在GDC官网:https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的数据,比如HNSC的miRNA数据。然后下载Manifest到刚刚软件放置的目录
  2. 先点击Exploration,然后在左侧选取需要的癌症类型和项目,选好后点击View Files in Repository

通过GDCRNATools下载TCGA数据的时报错怎么办

然后就会跳转到Repository页面,可以在这里进一步筛选所需要的数据。选择好之后点击Add All Files to Cart, 然后可以在右上角的cart中看到添加了多少个文件。如果不要下载其他的数据了,就可以直接点击Manifest,下载到Documents/TCGA数据下载中。

通过GDCRNATools下载TCGA数据的时报错怎么办然后打开终端,在终端输入     ./gdc-client download -m gdc_manifest.2020-08-11.txt -d ./HNSC/ 就开始下载啦~

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