如何使用做出多方面的箱图GGPLOT2

问题描述：

samples_i <- c("LAIV D0", "LAIV D3", "LAIV D7", "LAIV D0", "LAIV D3", "LAIV D7", 
"TIV D0", "TIV D3", "TIV D7", "TIV D0", "TIV D3", "TIV D7") 

irisTag_i <- structure(c(0, 0, 0, 11.2672863636364, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 13.8881727272727, 
0, 0, 0), .Dim = c(2L, 7L), .Dimnames = list(c("HSP90B1", "DNAJB1" 
), c("Neutrophil", "Tcell", "Monocyte", "Bcell", "NKcell", "PlasmaCell", 
"DendriticCell"))) 


SPVsR_i <- structure(c(0.1620678925564, -0.0609851972808482, -0.101082695275552, 
0.184268723991321, -0.0899021067853178, -0.0943666172060028, 
0.178289177586651, -0.0823892768809311, -0.0958999007057199, 
0.0331377432233005, 0.00289013805790048, -0.036027881281201, 
-0.0531973808347148, 0.0213528550009522, 0.0318445258337625, 
0.0179790366380429, 0.00347902775389391, -0.0214580643919368, 
-0.0136820170970586, 0.0142833182813199, -0.000601301184261278, 
0.0109856660204762, -0.00528600624634141, -0.00569965977413478, 
-0.0760171167711921, 0.0344372228755224, 0.0415798938956697, 
-0.114239469843063, 0.0217218301803764, 0.0925176396626868, -0.113283279031257, 
0.0424936766667866, 0.07078960236447, -0.14127024964406, 0.0595080054464686, 
0.0817622441975909, -0.0100499090500894, 0.0131491664210288, 
-0.00309925737093941, 0.101206058442775, 0.0231964804556542, 
-0.124402538898429, 0.00411785437964246, 0.0405556634613935, 
-0.044673517841036, 0.0720705616752313, -0.00782701824901867, 
-0.0642435434262126, 0.0753224665976433, -0.0323083061719772, 
-0.0430141604256661, -0.0654080281579984, 0.0124273486220488, 
0.0529806795359496, -0.0519970799923912, 0.00818146905729871, 
0.0438156109350925, 0.0200682008260364, -0.0466408267852637, 
0.0265726259592274, -0.0390251373720762, -0.0115216989414941, 
0.0505468363135703, 0.0321298528741327, -0.0151866963239294, 
-0.0169431565502034, -0.0310600302048482, 0.00718748395053659, 
0.0238725462543116, -0.0216937374381297, -0.00559429498828404, 
0.0272880324264137, 0.0288166559498562, -0.0173984873138801, 
-0.0114181686359761, -0.0176892628883129, -0.0235673738231865, 
0.0412566367114994, -0.00794904064609583, -0.000656094604392996, 
0.00860513525048881, -0.0538196455977893, 0.0200107051556589, 
0.0338089404421304), .Dim = c(12L, 7L), .Dimnames = list(c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12"), c("Neutrophil", 
"Tcell", "Monocyte", "Bcell", "NKcell", "PlasmaCell", "DendriticCell" 
)))

而与此代码

par(mfrow=c(2,3), mai=c(1,0.4,0.4,0.1), omi=rep(0,4)) 
    for (i in c(2:7)){ 
     # deliberately skip i=1 
     # so we 2 x 3 can fit in image 

     boxplot(SPVsR_i[,i]~as.factor(samples_i), outline=F, density=c(10,20,300), las=2, yaxt="n", col=c(brewer.pal(3,"Blues"), 
     brewer.pal(3, "Oranges")), density=c(10,20,300), at=c(1,2,3,5,6,7)) 
     title(colnames(irisTag_i)[i]) 
    }

我可以使这个形象：

使用上面相同的三个数据框，如何使用ggplot2来产生相似的结果？

我试过，但失败：

library(reshape2) 
library(ggplot2) 

nsamplesv <- cbind(SPVsR_i, samples_i,deparse.level=2) 
nsamplesv_df <- as.data.frame.matrix(nsamplesv) 
nsamplesv.m <- melt(nsamplesv_df,id.vars=c('samples_i')) 
colnames(nsamplesv.m) <- c("samples",'celltype','score') 

p <- ggplot(nsamplesv.m, aes(samples,score)) +geom_boxplot() +facet_wrap(~ celltype) 
p

产生以下图片：

我不知道具体是如何：

修复y轴，具有更少的蜱和3位小数。
箱子不显示。每个框架应该有6个框。
想为箱子着色。 LAIV为蓝色，TIV为黄色。
旋转x轴180度。

答

这里有一个更好的方式来重塑你的数据：

library(ggplot2) 
library(dplyr) 
library(tidyr) 
library(RColorBrewer) 

as_data_frame(SPVsR_i) %>% 
    bind_cols(data_frame(sample=samples_i)) %>% 
    gather(celltype, score, -sample) %>% 
    mutate(celltype=factor(celltype, levels=unique(celltype))) %>% 
    filter(!(celltype %in% c("Neutrophil"))) -> df

GGPLOT2需要映射美学数据帧或引用确保变量是相同的长度，你正在使用的数据。

我已经在这里模拟了你想要的输出，但请考虑尊重你的观众，而不是让他们倾斜头来阅读X轴标签。 Boxlot确实也应该有（IMO）主要的Y轴线，因此人类大脑更容易解码这些值。这不是100％必要的，但（再次）重点在于帮助理解。

你也没有注意到你的情节上的免费Y轴刻度，我不在这里，但这也有点horribad。即使使用Y轴刻度标签，您也应该采取措施确保人们不会尝试使用完全相同比例的细胞类型进行比较（默认情况下它们会自动进行比较，因为它们正在解码图表，但额外的标签将强制一个额外的处理步骤，供人们阅读上述指导）。

p <- ggplot(df, aes(sample, score)) 
p <- p + geom_boxplot(aes(fill=sample)) 
p <- p + scale_fill_manual(values=c(brewer.pal(3,"Blues"), brewer.pal(3,"Oranges"))) 
p <- p + facet_wrap(~celltype, scales="free") 
p <- p + labs(x=NULL, y=NULL) 
p <- p + theme_bw(base_size=10) 
p <- p + theme(strip.background=element_blank()) 
p <- p + theme(strip.text=element_text(face="bold")) 
p <- p + theme(axis.text.x=element_text(angle=90, vjust=0.5)) 
p <- p + theme(panel.grid.major.x=element_blank()) 
p <- p + theme(panel.grid.major.y=element_blank()) 
p <- p + theme(panel.grid.minor.y=element_blank()) 
p <- p + theme(panel.margin=margin(20,20,20,20)) 
p <- p + theme(plot.margin=margin(20,20,20,20)) 
p <- p + theme(legend.position="none") 
p

如何使用做出多方面的箱图GGPLOT2

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