嵌套的R foreach循环中的外循环变量

Question

我想在嵌套循环中使用foreach包，但我的内循环不识别外层的计数器，我错过了什么？

v3 <- search.compounds.by.mass(100.05,0.5) 
foreach(j=2:length(v2)) %:% { 
    foreach(i=1:length(v3), .combine=rbind) %dopar% { 
     write.table(paste(v3[i], paste(get.reactions.by.compound(v3[i]), collapse=" "), sep=" "), "file1",quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=FALSE, append=TRUE) 
     write.table(paste(v3[i], paste(get.pathways.by.compounds(v3[i]), collapse=" "), sep=" "), "file2",quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=FALSE, append=TRUE) 
     v3 <- search.compounds.by.mass(v2[j],0.5) 
    } 
} 

Answer 1

问题是您错误地应用了%:%运算符。它旨在合并两个对象，产生一个可用于反复评估提供给它的任何表达式的单个对象。所以，如果你想使用%:%，你需要第一合并两个foreach()语句，然后使用生成的对象驱动单个呼叫%do%（或你的情况，%dopar%）。以下为（1）为例。

或者，如果要嵌套两个foreach()对象，请使用%do%两次，如下面的（2）。

无论哪种方式工作，虽然对于并行作业，我可能更喜欢使用%:%。尽管如此，您的代码，如下面的（3），将两种策略的元素结合起来以产生无法做任何事情的混合。

X <- c("A", "B") 
Y <- 1:3 

## (1) EITHER merge two 'foreach' objects using '%:%' ... 
foreach (j = X, .combine = c) %:% foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
    paste(j, i, sep = "") 
} 
# [1] "A1" "A2" "A3" "B1" "B2" "B3" 


## (2) ... OR Nest two 'foreach' objects using a pair of '%do%' operators ... 
foreach(j = X, .combine = c) %do% { 
    foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
     paste(j, i, sep = "") 
    } 
} 
# [1] "A1" "A2" "A3" "B1" "B2" "B3" 


## (3) ... BUT DON'T use a hybrid of the approaches. 
foreach(j = X, .combine = c) %:% { 
    foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
     paste(j, i, sep = "") 
    } 
} 
# Error in foreach(j = X, .combine = c) %:% { : 
# "%:%" was passed an illegal right operand