使用dplyr将data.frame列表复制到sqlite数据库

问题描述：

我想使用dplyr软件包从data.frame列表中创建一个sqlite数据库。它看起来像dplyr::copy_to函数是我需要使用的。我认为我遇到的问题与NSE有关。另请参阅dplyr with databases上的小插图。使用dplyr将data.frame列表复制到sqlite数据库

data(iris) 
data(cars) 

res <- list("iris" = iris, "cars" = cars) 

my_db <- dplyr::src_sqlite(paste0(tempdir(), "/foobar.sqlite3"), 
         create = TRUE) 

lapply(res, function(x) dplyr::copy_to(my_db, x))

Error: Table x already exists.

尝试删除并重新创建你的'sqlite'数据库。它看起来已经成功了。 –

仍然失败。没有表格x。只有虹膜和汽车。这就是为什么我认为这是一个NSE问题。 – jsta

答

这样做的原因是因为默认的表名基于在R.数据帧的名称的当使用lapply，但它确实不采取索引名。

为dplyr::copy_to.src_sql的文档中包含：

## S3 method for class 'src_sql' 
copy_to(dest, df, name = deparse(substitute(df)), 
    types = NULL, temporary = TRUE, unique_indexes = NULL, indexes = NULL, 
    analyze = TRUE, ...)

线name = deparse(substitute(df))显示了表名的由来。

我们可以看到什么变成：

res <- list("iris" = iris, "cars" = cars) 
tmp = lapply(res, function(x) print(deparse(substitute(x)))) 
#> [1] "X[[i]]" 
#> [1] "X[[i]]"

的name在SQLite源表是X[[i]];一旦第一行被执行，该表就已经存在。

我们可以通过使用明确的for循环和二次传递名称或在索引编号上使用lapply来解决。

例如：

res <- list("iris" = iris, "cars" = cars) 
my_db <- dplyr::src_sqlite(paste0(tempdir(), "/foobar.sqlite3"), 
          create = TRUE) 
lapply(seq_along(res), function(i, l){dplyr::copy_to(my_db, l[[i]], names(l)[[i]])}, l = res) 
my_db %>% tbl("iris") %>% head 

#> Source: query [?? x 5] 
#> Database: sqlite 3.8.6 
#> 
#> Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 
#>   <dbl>  <dbl>  <dbl>  <dbl> <chr> 
#> 1   5.1   3.5   1.4   0.2 setosa 
#> 2   4.9   3.0   1.4   0.2 setosa 
#> 3   4.7   3.2   1.3   0.2 setosa 
#> 4   4.6   3.1   1.5   0.2 setosa 
#> 5   5.0   3.6   1.4   0.2 setosa 
#> 6   5.4   3.9   1.7   0.4 setosa 

my_db %>% tbl("cars") %>% head 

#> Source: query [?? x 2] 
#> Database: sqlite 3.8.6 
#> 
#> speed dist 
#> <dbl> <dbl> 
#> 1  4  2 
#> 2  4 10 
#> 3  7  4 
#> 4  7 22 
#> 5  8 16 
#> 6  9 10

我发现这个格式更容易阅读：'lapply（seq_along（res），function（i，dt = res）dplyr :: copy_to（my_db，dt [[i]]，names（dt）[[i]]）） ' – jsta

使用dplyr将data.frame列表复制到sqlite数据库

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