热图中的白色区域由R

Question

我的热图图有一个奇怪的问题，它有白色区域，但我从未指定白色。

# cluster.in.da is my data 
cluster.in.da <- t(scale(t(cluster.in.da))) 
quantile.range <- quantile(cluster.in.da, probs = seq(0, 1, 0.01)) 
palette.breaks <- seq(quantile.range["5%"], quantile.range["95%"], 0.01) 
color.palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.breaks) - 1) 
heatmap(cluster.in.da,scale="none",breaks=palette.breaks,col=color.palette) 

白色区域是什么意思？我认为这与我的数据有关，可能是什么问题？

在此先感谢。

Answer 1

因为你设置为从5-95％分位数的限制打破它是最有可能。 R不知道在该范围之外分配值的颜色。例如...

#No NA's in the data 
m <- matrix(rnorm(100) , nrow = 10) 
quantile.range <- quantile(m , probs = seq(0, 1, 0.01)) 
palette.all <- seq(quantile.range["0%"], quantile.range["100%"], 0.01) 
palette.half <- seq(quantile.range["50%"], quantile.range["100%"], 0.01) 


color.palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.all) -1) 
h.all(m , scale="none",breaks=palette.all,col=color.palette) 

color.palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.half) -1) 
h.all(m , scale="none",breaks=palette.half,col=color.palette)