如何使用朱莉娅

Question

我基本上是试图解决这个问题，以替换字符串中的几个字符：http://rosalind.info/problems/revc/

我想替换A，C，G，T所有出现的他们的赞美T，G，C ，A ..换句话说，所有的A将被替换为T，所有的C都带有G's等。

我以前用replace()函数用'U'替换所有出现的'T'，并且希望替换函数会将字符列表替换为另一个字符列表，但我无法使其工作，因此它可能不具备该功能。

我知道我可以很容易地解决这个使用BioJulia包，这样做是使用以下：

# creating complementary strand of DNA 
# reverse the string 
# find the complementary nucleotide 
using Bio.Seq 
s = dna"AAAACCCGGT" 

t = reverse(complement(s)) 

println("$t") 

但我想不必靠包。

下面是我到目前为止的代码，如果有人能够引导我走向正确的方向，那将是伟大的。

# creating complementary strand of DNA 
# reverse the string 
# find the complementary nucleotide 

s = open("nt.txt") # open file containing sequence 

t = reverse(s) # reverse the sequence 

final = replace(t, r'[ACGT]', '[TGCA]') # this is probably incorrect 
# replace characters ACGT with TGCA 

println("$final") 

Answer 1

似乎replace目前还不做翻译很喜欢，比方说，在猛砸tr。因此，相反，这里有几个使用字典映射代替的办法（在BioJulia包也似乎使类似用途词典）：

compliments = Dict('A' => 'T', 'C' => 'G', 'G' => 'C', 'T' => 'A') 

那么如果str = "AAAACCCGGT"，你可以使用join这样的：

julia> join([compliments[c] for c in str]) 
"TTTTGGGCCA" 

另一种方法可以是使用功能和map：

function translate(c) 
    compliments[c] 
end 

然后：

julia> map(translate, str) 
"TTTTGGGCCA" 

字符串是Julia中的可迭代对象;这些方法中的每一个依次读取一个字符，c，并将其传递给字典以获取免费角色。 A 新字符串是由这些免费字符构建的。

Julia的字符串也是不可变的：你不能在适当的位置交换字符，而是需要建立一个新的字符串。