关键字错误：使用rpy2在geoR中调用as.geodata函数

Question

我正在使用我正在处理的脚本中的SyntaxError: keyword can't be an expression。

我在Python中使用rpy2（和R包geoR）来处理使用R的数据库函数从PostgreSQL数据库检索的数据表。数据是空间数据，其坐标和2列数字数据将用于地统计模型。

数据库查询电话后，数据框对象x是这样的：

easting northing location attrib1 attrib2 category 
1 658394.3 204987.5  p1   4.91  26.17 soil 
2 658657.1 205116.7  p2   4.85  27.43 soil 
... 

我创建一个对象的geoR功能是这样的：

从rpy2.robjects.packages导入importr 地理= importr（ 'geoR'）

调用geoR功能

y=geo.as_geodata(x) 

工作，但没有参数data.col，它分配位置属性作为数据属性。 （第一列后坐标属性是默认设置。）

尝试：

y=geo.as_geodata(x,geo.data_col="4:5") 

生产：

SyntaxError: keyword can't be an expression 

我似乎无法避开它。我在这里看了几个帖子并在网上看了一下，但我无法弄清楚这一点。

Answer 1

我想这个错误是由于你试图传递两列到data_col命令。这是一个使用gstat包中的meuse数据集的工作示例。

import rpy2.robjects as robjects 
from rpy2.robjects.packages import importr 
geo = importr('geoR') 
gstat= importr("gstat") 
robjects.r("data(meuse)") 
x = robjects.r("meuse") 
y = geo.as_geodata(x,data_col=5,coords_col="1:2") 
vario = geo.variog(y) 
robjects.r.plot(vario) 

但是你会发现，上述不起作用，因为geoR似乎并没有得到coords.col或data.col参数。我不确定这是为什么，但解决这个问题的方法是编写一个包装函数。

robjects.r(''' 
geodata_python <- function(obj) { 
     return(as.geodata(obj, data.col=5, coords.col=1:2)) 
} 
''') 
geodata_wrapper = robjects.globalenv['geodata_python'] 
y = geodata_wrapper(x) 
vario = geo.variog(y) 
robjects.r.plot(vario) 

使用上面的方法，你可以在R环境中geodata_python函数中传递额外的参数给as.geodata功能。

HTH

Answer 2

Rpy2是Python的桥梁，它可以根据需要将Python类型映射到R类型。 在这里，您传递值为“4：5”的参数，即Python str。该参数变成R character（R术语中的字符串矢量）。

当您编写一个R函数调用，如foo(bar = 4:5)您正在编写的是R代码作为参数bar的值时，该代码将被评估以给出实际参数。

我会认为你想要的是：

from rpy2.robjects.vectors import IntVector 
y=geo.as_geodata(x, data_col = IntVector((4,5))) 

或

base = importr('base') 
y=geo.as_geodata(x, data_col = base.c(4,5))