我应该使用什么数据结构来存储.fasta头文件集合?
我试图写一个Perl程序,它会分裂出一个FASTA头:到它|
分隔件我应该使用什么数据结构来存储.fasta头文件集合?
gi|4140243|dbj|AB022087.1|_Xenopus_laevis_mRNA_for_cytochrome_P450,_complete_cds,_clone_MC1
:
gi
4140243
dbj
AB022087.1
_Xenopus_laevis_mRNA_for_cytochrome_P450,_complete_cds,_clone_MC1
我可以做到这一点使用split
:
my @hits = split(/\|/, $hits);
my ($gi, $number, $gb, $id, $name);
foreach (@hits) {
$gi.= "$hits[0]\n";
$number .= "$hits[1]\n";
$gb .= "$hits[2]\n";
$id .= "$hits[3]\n";
$name .= "$hits[4]\n";
}
my @gi = split('\n', $gi);
my @number = split('\n', $number);
my @gb = split('\n', $gb);
my @id = split('\n', $id);
my @name = split('\n', $name);
现在每个标题的每个部分(包含在$hits
中)是单个数组中的一个元素。接下来我要做的是打印每个阵列的每个元素,以便我可以为每个阵列生成元素[0]的列表,每个阵列的元素[1] ...
我不确定这是否需要散列哈希或数组数组。
我对perl相当陌生,所以任何建议都会大有帮助。
我也知道,上述可能不是实现我想要的最光滑的方式 - 再次,任何意见将是伟大的!
$ hit是否包含一个头或多个?如果它只有一个,那么将其分解为变量,您可以执行如下操作:
my ($gi, $number, $gb, $id, $name) = split(/\|/, $hits);
并且每个变量都将包含相应的值。
如果$ hits包含多个标题,那么首先只是分割线,然后在循环中分割每个标题。下面是一个例子,结果将是散列的数组:
my @hits = split(/\n/, $hits);
my @result;
for my hit (@hits) {
my ($gi, $number, $gb, $id, $name) = split(/\|/, $hits);
push(@result, {
gi => $gi,
number => $number,
gb => $gb,
id => $id,
name => $name,
});
}
当然的示例不包括任何错误校验(?比如 - 不头字符串真正相匹配的格式或没有),但你应该包括他们在实际应用中,如果需要的话。
PS:我觉得你真的要开始that
一般来说,数组是同质的数据(“一堆东西”),而散列是异构数据(“名称,数量,和一个生日“)。如果你的数据自然地分裂成一堆内部异构的东西(“一堆个人信息记录,每一个都有一个名字,一个数字和一个生日)”,那么自然数据结构就是一系列hashrefs(参见注释#1)。
就你的情况而言,$hits
是一个标题列表。所以我们将创建一个数组,将其称为@headers
,其中的每个元素都是表示为散列引用的单个标头。我们可以把分隔的字符串到一个列表与split
,我们可以把一个类型的列表到另一种map
:
my @headers = map {
make_header_hashref($_)
} split(/\n/, $hits);
sub make_header_hashref {
my ($header_string) = @_;
my ($gi, $number, $gb, $id, $name) = split(/\|/, $header_string);
return {
gi => $gi,
number => $number,
gb => $gb,
id => $id,
name => $name,
};
}
(我拆头字符串转化为hashref头成子,因为 (一)这就是你在实际代码中所做的事情;(b)它阐明了 的结构map
。)
您现在有一个hashrefs数组,因此您可以遍历它们,否则将头作为单位处理,而不是作为 属性的集合处理。
笔记#1:嗯,我们真的需要一个描述关联的对象,实现为表示记录的对象数组。
嗨,谢谢你的回答。 $ hits包含多个由\ n分隔的标头 – fugu 2013-04-24 11:35:59
我更新了该帖子,并附上了该案例。 – 2013-04-24 12:10:28
好的 - 我会玩一玩。感谢您的有用链接呢! – fugu 2013-04-24 16:27:07