如何并行化嵌套循环的csh脚本
问题描述:
我有四个不同的实验因素。如何并行化嵌套循环的csh脚本
对于每个实验,我需要改变三个参数并调用一个fortran程序。我使用EOF构造将参数传递给fortran程序。
下面是代码示例:
set expfac=(0.1 0.3 0.5 0.7)
set fact1=(1 3 2 8)
set fact2=(9 2 1 4)
set fact3=(5 6 1 4)
@ exp = 1
while ($exp <= $#expfac)
foreach i ($fact1)
foreach k ($fact2)
foreach h ($fact3)
./PROGRAM << EOF
expfac |$expfac[$exp]
fact1 |${i}
fact2 |${k}
fact3 |${h}
EOF
end
end
end
@ exp += 1
end
我如何可以并行对于while循环?使用GNU并行可能吗?
答
我CSH技能都是扯淡,所以这里是在bash:
parallel --header : './PROGRAM << EOF
expfac |{expfac}
fact1 |{fact1}
fact2 |{fact2}
fact3 |{fact3}
EOF' ::: expfac 0.1 0.3 0.5 0.7 ::: fact1 1 3 2 8 ::: fact2 9 2 1 4 ::: fact3 5 6 1 4
如果值包括需要外壳引号字符以上将不幸失败(” & \'*和喜欢)从你的例子看起来对你来说不会有任何问题
GNU并行将完全符合你的要求在Ubuntu上要小心,它们有一个愚蠢的默认参数,这使得它的行为不像文档中那样。它无法正常工作,请删除/ etc/parallel/config中的--tollef标志或在命令行中使用--gnu选项。 –