amber教程C2
含12个碱基对的DNA由A型向B型的转换，并进行了一些结果分析。
将A型DNA进行最小化，加热，平衡、动力学模拟得到的轨迹进行动力学分析。
前三步均对DNA进行了限制。
这个教程里还分别对生成的轨迹文件，以及parm文件进行了去水处理，但由于缺少parm的python脚本文件，我便没有进行去水处理，直接进行了轨迹的分析。
需要用到的文件：dna.prmtop和md.nc。
1、测量RMSD并将其保存到名为all的数据集中，使用第一帧作为参考。计算残基1-24的所有非氢原子的RMSD：
>rmsd all first :1-24&[email protected]= out rmsd-all.agr mass
2、测量残基2-10，15-22的所有非氢原子的rmsd。
>rmsd notail first :3-10,15-22&[email protected]= out rmsd-all.agr mass
接下来，xmgrace rmsd-all.agr
3、pucker计算：可以检查构象改变。
计算残基5、6、7、8的C1'到O4‘的旋转。’（伪褶皱旋转，角度调整为360度，而不是-180度到180度）
>pucker pucker5: :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' out pucker.agr type pucker ranger 360
>pucker pucker6: :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' out pucker.agr type pucker ranger 360
>pucker pucker7: :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' out pucker.agr type pucker ranger 360
>pucker pucker8: :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' :[email protected]' out pucker.agr type pucker ranger 360
然后xmgrace pucker.agr。
对应于每个残基的褶皱-假性-旋转角度。
在模拟的起始阶段，每个残基的大多数值在0到100度，这出现在A型DNA中，对应于C3'-endo构象。
在600帧以后，值大多在100度到200度之间，这出现在B型DNA中，对应于C2‘-endo构象。
得每个残基的直方图：（即得到每个残基角度的分布图，横坐标是帧，纵坐标是概率。）
（1）data----transformations---Histograms（直方图）
选中四个图，从0度开始到360度，使用99个盒子（99bins），并且常规化（normalize）。然后点击apply，计算直方图。
（2）隐藏原来的图，显示直方图。右键单击突出显示的数据集，单击隐藏，会隐藏原始值。只有这样才能看到新生成的直方图。（前四个是原来的图）
（3）关闭直方图窗口，然后单击右边draw下边的一行的右边的标识符，（大写字母A，s），对图片进行重缩放。
（4）plot---set appearance。前面为加号的表示非隐藏的。选择非隐藏的。然后hidth改为2，type改为straigt，单击apply。
同样在这个窗口，点击edit---set different colors，
折叠分布的值大多集中在100到180度，（还是感觉横坐标代表角度，纵坐标表示概率），这代表C2'-endo构象。曲线并不平滑，因为只有大概800帧的模拟。
4、nastruct命令计算基本的核酸结构参数，resrange表示只读取6、7和18、19两个碱基对，计算这俩碱基对之间的力，只生成有后缀data_6-7的一个文件。该文件将包括该特定碱基对的剪切，拉伸，交错，弯曲，螺旋，开口HB，主要和次要沟槽测量。
nastruct resrange 6,7,18,19 naout data_6-7 naheader
nastruct会生成三个文件。
第一个文件BP.data_6-7是碱基对的信息，第一列是帧，第二列和第三列都是碱基序号，后边的都是各种力的信息，分别是
Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening HB Major Minor
第二个文件BPstep.data_6-7，写入的碱基对6-19和7-18的步骤参数（step parameter），
分别是 Frame BP1 BP2 Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
第三个文件Helix.data_6-7是螺旋参数，
分别代表#Frame BP1 BP2 X-disp Y-disp Rise Incl. Tip Twist
接下来对这些文件进行处理，观察中心碱基对的螺旋角度随时间的变化。使用BPstep.data_6-7文件，首先删除空行。
sed -e '/^$/d' BPstep.data_6-7 > BPstep.data_6-7 （^$表示空白行，d表示删除定位行，引号里面的内容是sed的命令）
然后提取第一列和最后一列，分别代表帧数和弯曲值
awk '{print $1 "\t" $9}' BPstep.data_6-7.new > twist_6-7.dat （“\t"表示tab键”，print将数据字段列出来，使用awk时，如果是连续性的数据，不能有空格或者tab在内，$1，$2分别表示第一列、第二列，$0代表一整行）