Segmentations

分割，就是把不同value的体素分派到不同的结构中。可以在lookup table中查到相应的结构，同时可以在color table中查到他们相应的颜色。

Loading

加载brainmask or T1 volume之后，可以通过加载按钮加载一个分割的volume，点击黄色文件夹，在mri文件夹中选择所需的文件，打开；刚加载完成，分割的volume会覆盖在brain上面，可以通过选择Color map中的Lookup Table，然后把opacity滑到0.25，就可以同时看到大脑和分割图了。

你还可以创建一个新的分割图，File-> New Volume...，或者点击新建Volume按钮，然后再选择Lookup Table。

Display Options

在“显示窗口”中Segmentations呈现为带颜色的叠加层，颜色是在加载时由color lookup table file定义的。当Segmentations叠加层高亮显示的时候，可以通过滑动opacity或者输入确定的值点击回车按钮来调节不透明度。可以通过取消选中Segmentations叠加层来隐藏他，还可以使用Alt-C在大脑和Segmentations叠加层之间来回切换。将光标悬停或单击在某个label上时，可以在“显示窗口”下方的Cursor和Mouse中查看volume旁Segmentations的值和名称。

Editing the aseg

例如，aseg是FreeSurfer对整个大脑的自动分割。

重要说明：当aseg发生错误时，对于5.3及更低版本，应编辑aseg.mgz；对于FreeSurfer 6.0或更高版本，应编辑aseg.presurf.mgz；在6.0版中，使用surfaces清理了aseg.mgz，于是aseg中的皮质灰质已经沿着surface边界。在6.0版中，recon-all处理流中，先生成aseg.presurf.mgz，再生成aseg.mgz；这个清理步骤知识为了改善aseg的外观，在所有版本中，皮质灰质和白质都是用surfaces来统计的。

如上所述，加载aseg volume。对于FreeSurfer 5.3或更低版本，此卷是aseg.mgz文件，对于FreeSurfer 6.0或更高版本，此卷是aseg.presurf.mgz文件。可以通过voxel_edit按钮来编辑Segmentations，在弹出的窗口中，选择画笔大小，选择freehand tool并且不选择“Recon Editing”。使segementation volume高亮显示，color map选择Lookup Table，你可以看到所有的结构的颜色和强度值，并且可以单击其中一种来使用。撤销操作：Ctrl-Z；删除体素：Shift键+鼠标左键，注意：擦除体素会导致其强度值为O，即“未知”。

Alt-L：打开"outline mode"模式，有助于同时查看brain and segmentation；在voxel_edit窗口中，有一个“颜色选择器”按钮，通过这个按钮，可以吸取一个体素的颜色，再点击freehand按钮，用这个颜色来对其他体素进行编辑。

当创建新的segmentation时，可以先用freehand勾勒结构的轮廓，然后再Crtl键+鼠标左键填充该区域；如果填满了整个切片，则说明您勾勒的区域不是封闭的，本质就是油漆刷和油漆填充的功能。

Saving

保存对segmentation的更改，首先使该segmentation突出高亮显示，File-> Save Volume，覆盖原来的segmentation；或者File-> Save Volume As ...（另存为...）；或者是用于保存COR卷的空目录。保存完成后，可以重新创建surfaces，计算信息：

recon-all -autorecon2-noaseg -autorecon3 -subjid <Subj_ID>