Doxygen内部结构
下图展示了Doxygen处理源文件的流程。
Config parser（配置解析器）
工程的参数配置文件被Doxygen解析，并将参数存储到一个单独的类Config（src/config.h）文件中。解析器是采用的FLEX框架编写的，源码在src/config.l目录下。因为解析器也被doxywizard（前端向导）直接调用，所以把解析器做成一个单独的库。
每一个配置选项都是五种类型中的一种：String，List，Enum，Int，Bool。这些配置选项的值都可以使用全局函数Config_getXXX()获取到（XXX指选项）。这些函数的参数，是以配置文件中选项的名称命名的字符串。例如：Config_getBool("GENERATE_TESTLIST")，如果test列表启用，返回布尔类型TRUE。
src/doxygen.cpp中的函数readConfiguration()读取了命令行参数，之后调用配置解析器。
C Preprocessor
配置文件里配置的输入文件（默认情况下）被送到C语言预处理器（通过用户定义的筛选器传输）。
预处理器的工作方式不同于标准的C预处理器。默认情况下，它不展开宏，虽然它可以被配置为展开所有宏。典型的用法是只扩展用户指定的宏集合。这是为了允许宏名称出现在函数参数的类型中。
另一个区别是，预处理器分析，但实际上不包含#include的代码（除了{...}里的#include代码）。这么做的原因是为了避免让doxygen的解析器去处理函数/类的重定义的情况。例如当所有源文件都包含一个公共头文件，类和类型定义（以及注释）将存于在每个翻译单元中。
解析器是基于FLEX框架，源码在src/pre.l。条件控制块（#if）需要使用常量表达式。因而使用了基于yacc的解析器，源码在src/constexp.y和src/constexp.l。
C 预处理器会为每个文件调用preprocessFile()函数，并且把处理结果追加到字符缓冲区，缓冲区的格式是
0x06 file name 1
0x06 preprocessed contents of file 1
...
0x06 file name n
0x06 preprocessed contents of file n
Language parser（语言解析器）
预处理器的缓冲区被送到语言解析器，后者使用flex（一个词法分析器）实现了一个大型状态机。源码在src/scanner。一种解析器解析所有语言（C/C++/Java/IDL）。状态变量insideIDL和insideJava在某些地方用用于选择特定语言。
解析器的工作是把输入缓冲区转换成条目树（抽象的语法树），在src/entry定义了条目的内容，是一种松散的结构信息。最重要的字段section描述了条目里包含的信息。
为了在以下几个方面可能会改善：
每种语言各使用一种解析器，而不是一个大型扫描器。
将文档的第一道解析移动到一个独立的模块。
解析预定义define（目前预处理器只是把他们集合起来，语言解析器会把他们忽略掉）。
Data organizer（数据组织器）
这一步包含了很多小步骤，为提取的类、文件、命名空间、变量、函数、包、页面、组创建文件目录，除此之外，在这一步过程中条目之间关系会被计算出来。
在src/doxygen.cpp里有每个一个步骤的函数，这些函数操作条目数，在语言解析期间构建目录。详情需查看“Gathering information”一节。
这一步的结果是许多目录，目录结构在src/doxygen.h的doxygen的“命名空间”中。目录的大部分属性是从类Definition继承而来的。MemberDef类保存了一个成员的全部信息，FileDef类保存了文件的，ClassDef类保存了类，NamespaceDef保存了命名空间，GroupDef保存了组，PackageDef类保存了Java包信息。
Tag file parser（标签文件解析器）
如果在配置文件中指明标签文件，那么将使用基于SAX的XML解析器来解析它们，源码在src/tagreader.cpp中。解析标签文件后，会像条目树中插入Entry对象。字段Entry::tagInfo用来标记条目是外部的，并保存了标签文件里的信息。
Documentation parser（注释解析器）
特定的注释块会以字符串形式存储在条目中。简述信息和详细信息都有各自的字符串。文档解析器读取字符串并且执行字符串里的命令（这是注释解析的第二部分）。它会把结果写给输出生成器。
解析器是C++编写，源码在src/docparser.cpp中。解析器处理的符号在src/doctokenizer.l中定义。注释块里的代码段会被传递给源代码解析器。
文档解析器的入口函数是src/docparser.h里的validatingParseDoc()。带有特殊命令的简单文本会使用validatingParseText()函数。
Source parser（源码解析器）
如果浏览源代码被启用，或者注释汇中出现代码段，源码解析器会被调用。
代码解析试图对文档化的条目生成交叉引用，同样会为源代码做语法高亮，输出直接写给了输出生成器。
代码解析入口程序parseCode()在src/code.h声明。
Output generators（输出生成器）
在数据被收集和交叉引用之后，Doxygen产生各种格式的输出。为此，输出生成器使用抽象类OutputGenerator提供的方法。为了能生成多种格式的输出，OutputList会被代替。该类维护一个具体的输出生成器列表，其中调用的每个方法都被委派给列表中的所有生成器。
为了让每个特定的输出生成器允许在输出中写入小偏差，可以暂时禁用某些生成器。输出列表类包含了大量disable()和enable()方法。OutputList::pushGeneratorState() 和OutputList::popGeneratorState()用于临时保存堆栈上的启用/禁用输出生成器集。
XML是直接从数据结构中生成的。未来，XML将会被用做中间语言（IL），然后，输出生成器将使用这个IL作为起点来生成特定的输出格式。拥有IL的优点是，各种独立开发的工具以各种语言编写，可以从XML输出中提取信息。
独立工具可能是：
交互式源码浏览器
类图生成工具
计算代码度量
Debugging 调试
由于doxygen使用了大量的flex代码，所以我们需要了解flex的运行规则以及flex如何处理输入。幸运的是，当Flex与-d选项一起使用时，它输出匹配的规则。这使得很容易跟踪特定输入片段的内容。为了更容易切换给定的Flex文件的调试信息，我编写了以下Perl脚本，它会自动在makefile文件中添加或移除-d。
#!/usr/bin/perl
$file = shift @ARGV;
print "Toggle debugging mode for $file\n";
if (!-e "../src/${file}.l")
{
print STDERR "Error: file ../src/${file}.l does not exist!\n";
exit 1;
}
system("touch ../src/${file}.l");
unless (rename "src/CMakeFiles/_doxygen.dir/build.make","src/CMakeFiles/_doxygen.dir/build.make.old") {
print STDERR "Error: cannot rename src/CMakeFiles/_doxygen.dir/build.make!\n";
exit 1;
}
if (open(F,"<src/CMakeFiles/_doxygen.dir/build.make.old")) {
unless (open(G,">src/CMakeFiles/_doxygen.dir/build.make")) {
print STDERR "Error: opening file build.make for writing\n";
exit 1;
}
print "Processing build.make...\n";
while (<F>) {
if ( s/flex \$\(LEX_FLAGS\) -d(.*) ${file}.l/flex \$(LEX_FLAGS)$1 ${file}.l/ ) {
print "Disabling debug info for $file\n";
}
elsif ( s/flex \$\(LEX_FLAGS\)(.*) ${file}.l$/flex \$(LEX_FLAGS) -d$1 ${file}.l/ ) {
print "Enabling debug info for $file.l\n";
}
print G "$_";
}
close F;
unlink "src/CMakeFiles/_doxygen.dir/build.make.old";
}
else {
print STDERR "Warning file src/CMakeFiles/_doxygen.dir/build.make does not exist!\n";
}
# touch the file
$now = time;
utime $now, $now, $file;
另一种从flex代码中获取规则匹配/调试信息的方法是，使用make 设置LEX_FLAGS。（make LEX_FLAGS=-d）。
运行doxygen -d lex 你会得知哪里使用了 flex codefile。