DDSM乳腺钼靶图像数据库——ftp下载与格式转换(LJPEG转PNG)

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参考:https://blog.csdn.net/yixieling4397/article/details/81321870
完成:ROC win10
DDSM数据库是美国的医学机构所建立的专门存放乳腺癌图像的数据库。里面存放了cancer,normal,benign,benign_without_callback四类数据。目前很多对乳腺癌的研究都是根据该数据库进行研究。接下来本文将会针对DDSM数据库的下载,格式转化方面展开介绍。

1.下载数据

我们的下载工具是winscp软件,该软件可以用于远程ftp下载。
DDSM乳腺钼靶图像数据库——ftp下载与格式转换(LJPEG转PNG)
首先,在网上搜索安装包进行下载安装。

DDSM乳腺钼靶图像数据库——ftp下载与格式转换(LJPEG转PNG)
安装之后,打开软件。
DDSM乳腺钼靶图像数据库——ftp下载与格式转换(LJPEG转PNG)

选择ftp,输入DDSM网址,匿名登录。

等待连接以后,就可以看到我们需要下载的资源,然后选择我们需要下载的资源,点击下载即可。(亲测,晚上的网速特别快,白天的网速特别慢,大家可以晚上让它自己去下载,我们去睡觉)
DDSM乳腺钼靶图像数据库——ftp下载与格式转换(LJPEG转PNG)

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原文链接:https://blog.csdn.net/yixieling4397/article/details/81321870

格式转换

参考:https://blog.csdn.net/liuxinghan1998/article/details/91493334
完成:台式 win10

一、简介

本文的程序是在曼彻斯特大学的 Dr. Chris Rose 编写的程序基础上修改而成。原程序的官网已经关闭,但在Github上还有镜像存储库。

原程序主要有两个功能:

从FTP服务器下载图像
将LJPEG格式转化为png格式
但实际上,程序在从FTP服务器下载时,一旦传输中断,程序就会终止。而且程序运行需要手动依次输入图像名称,一次只能处理一张图像,一张图像处理完后才能处理下一张,很费时费力。

所以建议使用专业的FTP下载软件下载DDSM的数据集,这样在与FTP服务器的连接发生中断时,软件会自动尝试重新连接。

本文的程序去除了原程序下载的功能,只保留了格式转换的功能,并添加了批处理功能。程序首先会深层遍历程序所在文件夹,将所有.LJPEG后缀文件的路径写入一个临时文本中。之后逐行读取这个文本,根据每次读取的路径加载相应的LJPEG文件,并同时读取该路径下相应的.ics文件中的信息,经过几步转换,最终将该LJPEG文件转换为PNG格式。如此,将所有LJPEG文件逐个转换为PNG格式。

程序的下载见:https://github.com/Watanuki-Kimihiro/DDSM-LJPEG-Converter

二、程序运行环境

Windows 系统
Cygwin (Unix虚拟机)
三、在Windows系统下安装Cygwin
Cygwin的安装比较简单,在Cygwin官网(http://www.cygwin.com/)下载好在线安装程序,在安装过程中除了有以下几点需要注意的地方外,剩下的一路点“下一步”就可以了。

  1. 在选择“Install for”时,要选择“Just Me”。

  2. 在选择安装的模块时,需要勾选“ImageMagick”,“ruby” ,“ rubygems”。

“ImageMagick”,“ruby” 和“ rubygems”这三个模块是本文程序所依赖的三个模块,为了能够运行本文中的程序必须安装。

使用安装程序窗口中的搜索框,就可以很方便地搜索到这三个模块。

四、程序使用

  1. 初始化用户目录

Cygwin安装好后,双击桌面上的“Cygwin64 Terminal”快捷方式打开终端,初次运行会在安装目录下生成用户目录,比如Cygwin的默认安装路径是C:\cygwin64,初次运行后就会生成用户目录:C:\cygwin64\home\YourUserName,其中“YourUserName”是你的Windows系统的用户名。

  1. 把下载好的 DDSM-LJPEG-Converter 文件夹拷贝到Cygwin用户目录(C:\cygwin64\home\YourUserName)下

  2. 拷贝LJPEG图片文件夹到 DDSM-LJPEG-Converter 文件夹下

这个LJPEG图片文件夹可以是一个嵌套的文件夹,但必须保证:

LJPEG文件与ics文件的文件名保持FTP服务器提供的文件名,即不要修改从FTP服务器下载下来的文件名称,因为本程序是根据文件名来关联LJPEG文件与相应的ics文件的。
待转换的LJPEG文件,以及与该文件相关联的ics文件,必须在同一路径下。因为本程序只对LJPEG文件进行了深层遍历,而对于ics文件,只是在待转换的LJPEG文件所在的路径进行了遍历。如果是用FTP下载软件下载的,就不用移动文件,因为DDSM的FTP服务器文件结构就是如此。
总之,如果是用FTP下载软件下载的,不要进行任何改动,直接将整个文件夹拷贝到 DDSM-LJPEG-Converter 文件夹下就可以了。

  1. 运行脚本

打开终端后,首先切换文件目录到 DDSM-LJPEG-Converter 文件夹下。

cd DDSM-LJPEG-Converter
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然后运行脚本。

./LJPEG-to-png
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运行结果:

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