cytoscape作图难?10分钟搞定OTU的互作网络分析相关性联系图+MENA使用教程!

科研小伙伴们,如果你是从事肠道菌群、微生物组、基因组、蛋白组、代谢组等组学分析,那就离不开一个强大的互作网络绘图软件CYTOSCAPE,安装过程在之前写的文章cytoscape安装及使用-1中已经安利给大家了,不过使用的教程还没完成。今天我想给大家介绍一个联合MENA网站进行相关性分析的cytoscape操作教程,如果想我继续发布其他内容请多多点赞,我看到会很高兴哒!因为自己也很咸鱼,懒散发布文章都是看自己最近学到什么新技巧记录下来,顺便能帮助到各位解决难题。我晚点再放上结果图片!

进入正题:

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  1. 在这里抛出MENA网站的链接:[MENA]****(http://ieg4.rccc.ou.edu/mena/),这个网站免费使用,但有个小小的问题:每个月有几天会打不开(可以耐心多等待几天)。

  2. 网站页面:
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  3. 注册及登录:
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  4. 完成注册,进行登录。
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  5. 主页面有各功能划分:cytoscape作图难?10分钟搞定OTU的互作网络分析相关性联系图+MENA使用教程!

  6. 先下载网站内部的案例数据格式,包括上传文档的横列 纵列抬头安排:
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  7. 举例如右下角的格式:
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  8. 上传数据注意事项:文中不能出现数值0,用blank空格键代替等。
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  9. 上传文件后注意是“文档(间隔符)txt”格式,然后给自己的文档再起个名字,方便网站识别。
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  10. 正在计算。
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  11. 计算成功,选择网络构建。
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  12. 选择构建的文件。
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  13. 进行网络分析参数设置(数据过滤、功能性计算和RMT参数设置,这里对RMT计算过程感兴趣的小伙伴自己去了解)。
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  14. 开始进行计算(目前我卡在这一步,后续会继续更新的!)
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