创造力预处理中遇到的一些小问题记录

首先slicetiming
需要知道这个slice的层数，用display显示，646432，这个32就是层数，然后得知道TR,一般都是2，TA是经过计算得到就行，别的数据也不需要知道什么。
1.第一步slicetiming就出错，必须选择俩nii格式才行，不知道继续往下走会出什么错
（我估计可能是因为这个窗口必须选择batch，我只选了一个所以出现报错）
2.出现报错，内容如下
Number of slices is… : 32
Time to Repeat (TR) is… : 2
Parameters are specified as… : slice indices
原因是那个slice order应该写俩，比如“2:2：32 1:2：31”，我就写了一个所以报错，最后修改后成功处理成功，就没啥显示只是在文件夹中多了一个以a开头的文件。（在左下方那个对话框中会有个跟温度计似的进度条）
关掉“batch editor”会显示未保存，所以就保存就行啦。
Relignment 头动校正
就没啥参数设置，直接选择刚做好的以a开头的图像就行了。
这个最后的结果有好多啊，
头动校正信息将以 plot 图形显示
Translation图表示被试头部在X，Y，Z三个方向的平移，分别用蓝，绿，红三种颜色表示。
Rotation图表示被试头部在实验过程当中绕X(L-R)，Y(A-P)，Z(S-I)三条轴的转动角度。
横坐标代表这个序列所采集的所有图像，纵坐标表示的是偏移量和偏转角度，分别以毫米和度为单位。
一对mean *（.img和.hdr）文件（平均脑）
一个rp_ .txt文件（头动参数文件）及若干对r（.img和.hdr）文件。

上面的是最后的文件显示，那个plot图没有放上来，因为感觉没必要。
Coregister 配准
就是refernce选择上一个得到的mean即平均脑，resource选择了anat，因为这里面放的是结构像。否则按照word文档进行操作即可。
报错：File too small.我猜可能是解压的时候出错了，因为总是.gz解压不成功，最后虽然出来了个东西但还是觉得有问题。（可能是这个压缩包被损坏了，所以换了一个继续弄，发现可以）
最后出来的结果是什么玩意，左下角那个窗口里的图一直在变，这个最后得到的直方图也不知道是什么玩意，如下图所示：

这什么鬼啊，脑袋都是歪的，丝毫不知道哪里出错了。
有点不一样，在spm8手册的p212这个联合直方图是一样的样子，也是非直线。但是脑袋是歪的这个事情真的很奇怪。（好吧，刚打开原始结构图发现这个结构像本身就是歪的，这样子怎么配准嘛！！！）看了下人家原始图像，发现人家的原始图像就是正的哇！不管了，就当我做的对吧。
Segmentation 分割
选择的是经过register的结构像，最后会出来个以y开头的文件。emmm这个过程有些慢，一直转圈圈，结果按理说应该得到灰质白质脑脊液三部分文件，但是我得到五个文件。呀，刚瞅了下正常的也是5个c1-c5文件。（跟某人学的老说呀）
这步其实出错，没有出现m开头和y开头文件，不知道为什么，是因为格式不对？
Normalization标准化
这个根据som12手册的227页选择，那个自己的word文档好像有什么不对。

ps：coregister和segment都是对T1像进行处理。
Smoothing
这个FWHM选择666，因为是体素的两倍大小。
http://imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/DataDiagnostics这个网站是查看数据是否正常的
ps：^m.*可以对文件进行筛选