BrainSuite软件的使用方法
BrainSuite使用规则
Open BrainSuite
Open 2523412.nii.gz via File > Open Volume
运行完整的皮质表面提取序列
- 点击Cortex > Cortical Surface Extraction Sequence出现皮质表面提取序列对话框
2.检查文件的前缀名2523412还有我们的工作目录the brainSuite TutorialCSE是不是正确的。
3.在皮质表面提取序列对话框中点击step
4.点击”step>”3次，直到the Skull Stripping Tool dialog(头骨剥离工具对话框)说“finished skullstripping”时结束扫描时会有默认的参数。这些参数可能不适合我们的剥离工作。我们可以改变参数来获得更好的效果。打开Cortex>Skull Stripping(BSE)来进行相应的头骨剥离工作
5.点击back三次
6.将 the edge constant(边界常数)改成0.5
7.然后再点击step>知道出现finished skullstripping，我们可以观察一下，这个值与我们所用的默认值在提取方面有什么不同。
8.这里我们所获得的图像只是简单的获得他的轮廓，我们可以再次点击“<back”,回到边缘检测。
9.将the edge constant 改成0.75
10.再一次点击“Step>”，直到skull-stripping完成。注意图像看着每一步。
11.可以看到我们留下了太多的大脑，现在点击“<back”,” anisotropic diffusion filter”（各向异性扩散滤波），第一步的skull-stripping的进度条为0%
12.这里设置 the Diffusion Constant (扩散值)为30和the Diffusion Constant （边缘常数）为0.8.然后在点击“Step>”，直至“finished skullstripping”.
13.这个提取的图像包含了整个的大脑，只有一点的大脑以外的组织。如果你愿意，你可以使用the mask tool(还没有研究)，进行手动修复。
14.然后关闭头骨剥离工具，返回到皮质表面序列提取对话框。
15.下一阶段，头骨头皮产生的头骨头皮表面。这对我们来说是很有用的。因为隐私保护，这里的扫描被损毁，所以运行这个阶段对我们来说没有什么用处。所以左边的”Skull and Scalp”复选框不用选。
16.点击“Stage >>” 三次完成skull-stripping(即面具保存，掩盖了体积)和执行bias-field不均匀性校正和组织分类。
17.现在在大脑表示阶段，小脑将从脑图像中中删除。点击两次“step>”两次线性调整brainsuite图谱扫描。如果调整出现不正常，我们可以尝试改变成本函数“最小二乘法”或“标准差”，然后再次运行发恼标记阶段。
18.点击“stage >>”阶段完成大脑标签。注意现在图像不包括小脑和脑*分，和大部分的脑以外的组织。
19.然后点击“stage>>”阶段四次，运行内皮层图像，修正图像，纹理的清楚等等。使用这些工具产生和清洗白质，作为3D内皮质表面的基础，反过来也可以作为软膜的表面生成的基础。
20.点击”stage >>”阶段生产内皮层表面，表面将出现在右下角查看器
21.下一阶段生成软膜表面。默认情况下，默认情况下,它使用大脑图像大脑中生成标签限制其扩张阶段。如果你想使用一个自己大脑的图像,mask tool使用工具来创建一个定制的图像,保存它,然后单击“加载自定义面具”按钮在这个阶段加载和使用编辑面具。
22.最后阶段软膜的表面产生分裂和标签的半球。点击“stage>>”阶段来完成。
23.观察结果。当CSE序列完成后,查看器将显示一个三维模型表面的软膜的表面skull-stripped扫描。如果你打开BrainSuiteTutorialCSE文件夹,你会发现现在有很多文件,皮质表面提取所述输出文件页面。您可以打开这些文件在BrainSuite了解的内容。尝试运行你自己的扫描CSE序列(你可以点击“运行”而不是步进通过每个阶段在本教程中,尤其是在第一个skull-stripping舞台看起来正确的),或继续用这个扫描表面/体积注册指导练习大脑自动段和标签。
总结：首先上面介绍的是Brainsuite这个软件的使用方法，然后这里取用的数据集是给定的头脑的数据集。若果要使用自己的数据集可能设定的参数，比如按边缘常数，阈值等等还需要改变。
软件的下载方式
http://brainsuite.org/
这个软件的下载需要使用自己的谷歌邮箱。