Ubuntu 16.04 安装SAMtools

SAMtools 是一个生物信息方面常用的工具合集。

下载地址：SAMtools 下载

安装过程：

1.先下载安装包，然后解压，刚下载下来是samtools-1.7.tar.bz2 （当前是1.7版本），需要解压。

 终端输入命令：

bzip2 -d samtools-1.7.tar.bz2  #将bz2压缩解压

tar -xf samtools-1.7.tar  #将tar压缩解压

2.然后安装

终端输入命令：

cd samtools-1.7/   #进入文件目录下

./configure --prefix=/mnt/d/biotools/  #进行编译，后面/mnt/d/biotools/是自己的安装位置，依据个人需要更改

make #进行make

make install  #安装完成

3.加入路径

export PATH=/mnt/d/biotools/bin:$PATH

4.安装完成

5.一些安装时出现的问题

安装时最容易出现的问题就是依赖库未安装，导致安装出错

5.1进行编译时出现error：建立HTSlib需要libbzip2文件，需要安装

直接用apt-get安装

sudo apt-get install libbz2-dev

5.2进行编译时出现error：需要liblzma文件

sudo apt-get install liblzma-dev

然后就可以正常进行configure，make，make install了。