环状RNA芯片简介

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研究环状RNA除了高通量测序外，还有一种常见的手段就是环状RNA芯片，两种产品之间各有优劣，只有了解其对应的特点，才能更好的做出选择。

在物种的适用范围上，高通量测序适用范围广，由于采用的是从头预测的策略，只需要这个物种有基因组序列就可以进行环状RNA分析; 环状RNA芯片依赖已知的环状RNA数据，由于需要根据已知的环状RNA来设计探针，所以可选的物种比较少。

在环状RNA的种类上，高通量测序采用软件预测的方式，不仅能够识别已知环状RNA,还能够发现新的环状RNA；芯片只能够检测到已知的环状RNA。

在环状RNA的数量上，理论上来说测序的数据量越大，其能够识别的环状RNA数量会越多，而芯片在设计之初就规定了能够检测到的环状RNA数量上限。

在环状RNA的可靠性上，高通量测序采用的是软件预测的手段，结果中必然存在一定的假阳性率；环状RNA芯片从各个数据库中收集整理，筛选出高可信度的环状RNA来设计探针，所以芯片检测到的环状RNA可信度高。

在定量的准确性上，高通量测序采用覆盖连接点的junction reads来作为环状RNA的表达量，由于环状RNA相比线性RNA占比低，且随机打断检测到junction reads的概率问题，导致高通量测序得到的环状RNA表达量普遍较低，且样本间差异较大，往往只在某一个或者某几个样本中有表达，在其他样本中没有检测到；环状RNA芯片也是采用探针来捕获junction reads, 在不同样本中覆盖度较为均一，在大多数样本中都能够检测到环状RNA的表达。另外，定量的准确性也会对下游的差异分析造成影响，

在分析结果的可重复性上，同样的测序数据，不同软件给出的结果都不尽相同，很难重现别人的结果；商业的环状RNA芯片配套了成熟的分析软件，结果可重复较好。

在分析内容的多样性上，高通量测序只需要一个去rRNA的文库就可以同时分析mRNA，lncRNA,circRNA多种RNA的结果，而芯片为了保证探针结合的特异性，在样本制备阶段通常会用Rnase R酶处理，消化线性RNA, 只保留环状RNA,所以只能针对环状RNA进行分析。

综上所述，如果你只关注常见物种的环状RNA, 那么芯片平台就可以满足要求，如果想要研究其他物种或者更加广泛的分析内容，选择高通量测序会更加方便。

目前商用的环状RNA芯片有多种，最有名的就是ArrayStar的环状RNA芯片，包含以下3个产品

芯片的实验流程如下所示

分析内容上，就是常规的定量，差异，来源基因富集分析，circRNA-miRNA相互作用预测。Arraystar为芯片配套了一个用于分析miRNA与其他RNA相互作用分析的软件，结果展示如下

该软件采用了miranda和TargetScan两个算法来进行预测，展示的结果较为美观。

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