三代测序之微生物基因组 de novo 测序
三代测序之微生物基因组 de novo 测序
2016-05-20 编辑：诺禾致源
微生物基因组 de novo 测序
产品优势
• 单分子，长序列，完美跨越细菌全部重复单元
• 真菌 20Kb 文库，70× 数据组装，组装效果直达准染色体级别
• 个体比较加进化分析，多角度挖掘基因组编码内涵
• 多样化的专业后续分析方案，一步到位直奔研究目标
研究方案
| 基因组特征 | 组装策略 | 测序策略 | 承诺指标 | 交付周期 |
| 细菌完成图 | 全三代数据组装 | 50× 以上三代数据 | 1 Scaffold,0 Gap | 60个自然日 |
| 真菌精细图 | 二代 Survey + 三代数据组装 |
70× 三代数据 + 20× 二代数据 |
Contig N50≥1Mb（简单真菌） Contig N50≥500Kb（复杂真菌） |
75个自然日 |
研究案例
单分子实时测序技术绘制结核分枝杆菌复合群甲基化图谱
结核分枝杆菌复合群（MTBC）引起的肺结核是遗留的最常见的感染性疾病之一。作者利用单分子实时测序技术完成了来自 MTBC 不同谱系12个菌株的基因组测序和甲基化位点解析（如图4）。
图4 三代修饰图在细菌基因组中的应用
甘蔗鞭黑粉菌完成图及其与甘蔗的互作转录组
甘蔗鞭黑粉菌是甘蔗的一种常见真菌病原体，作者使用 PacBio 测序平台对菌株进行测序，组装至59条 Contig 的准染色体级别，并基于近缘参考基因组构建了菌株的染色体序列（如图5）。
图5 三代真菌准染色体组装案例