【学习笔记】在线双序列比对工具

在线使用的双序列比对工具。

目前，使用率最高的是EMBL网站的双序列比对工具(http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa)。打开页面，上面有全局比对工具、局部比对工具、还有基因组比对工具。

【学习笔记】在线双序列比对工具

EMBL比对工具将gap分为两种，一种叫“gap开头(GAP OPEN)”，另一种叫“gap延长(GAP EXTEND)”。

gap开头就是连续的一串 gap里面打头的那一个，可以当它是队长。

gap延长就是剩下的那些gap，也就是队长后面跟着的小兵。

这一串里，第一个gap是gap 开头，后面的都是gap延长。

单独的一个gap按gap开头算。

gap开头和gap延长可以分别定义不同的罚分。

默认情况下，gap开头罚分多，gap延长罚分少。所以这种情况下，gap都集中连成长串出现。

全局比对的例子里我们就是用这种搭配组合方案做出的比对。

当gap开头小，gap延长大的时候，做出来的比对里面，gap 很分散，极少有连续长串的 gap出现。

调整gap open和gap extend以达到期望的比对结果

EMBL的局部双序列比对工具可以选择经典的Smith-Waterman 算法

只有中间黑色的相似的部分出现在比对结果中了，两头红色的不相似的部分被忽略掉了。也就是只返回了局部最相似,得分最高的片段的比对结果。

除了一长一短两条序列适合做局部比对,有的时候两条差不多长的序列也可以做局部比对，以找出它们最相似的局部片段。为了让相似的部分突出出来，把gap都调大，gap开头调到10，gap 延长调到5，提交。

比对结果中，只有黑色的相似的部分出现在最终的比对结果中了，两头红色的不相似的部分全部被忽略了

所以，有时候两条序列并不同源，它们只是有一个功能相似的区域，这时用局部比对我们就能很快找到这一区域在两条序列中的位置。但是如果做全局比对的话，结果就不如局部比对明显了。