使用ggplot2在热图中绘制图层
问题描述:
我有一个数据帧,第一列有几个样本,第二列有22个因子。头(DF)的 输出示例:使用ggplot2在热图中绘制图层
Sample Chromosome
1 Sample2 chr10
2 Sample2 chr9
3 Sample3 chr10
4 Sample3 chr20
5 Sample3 chr10
6 Sample1 chr1
既然是很多关于正常地块数据I打算做每个样品CHR10的分布的热图。例如,样品2在chr10上发生2000次。
我希望,ggplot可能会接受与它的水平作为一个规模的chr因素,但事实并非如此。
这里是我的尝试:
ggplot(GenomereportTrim,aes(Sample,Chromosome))+
geom_tile(aes(fill=Chromosome),color = "white")+
scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")
大约有50个独特的样本具有超过22级的染色体因素的一些分布。
任何帮助,将不胜感激。 谢谢!
答
'ggplot(GenomereportTrim,AES(样品,染色体))+ stat_density_2d(的geom = “光栅”,AES(填充= ..density:这很容易通过使用2D像素合并统计实现..),轮廓= FALSE)? – Axeman
不幸地返回一个错误:''stat_density2d()'中的计算失败': 带宽必须严格为正值' – chrys
我不完全清楚你想要什么:你想要一个轴上的样本和另一个染色体上的热图,以及与每个样本中染色体的频率相对应的颜色? –