DNA六元纳米管-续
最后调整出来的在AMBER构建百分之八十的100mM的氯化钠乙醇溶剂的方法：
（1）在GROMACS采用insert的方法插入既定数量的乙醇分子和水分子。
（2）百分之八十是质量浓度，别按体积浓度算
（3）等盒子收敛到一定程度的时候，再根据体积算出来要多少氯化钠分子。
（4）由于盒子收敛的时候体积变化太大，会报错：
SANDER BOMB in subroutine nonbond-list
volume of ucell too big, too many subcells
list grid memory needs to be reallocated, restart sander
解决的办法是，先不加热，先进行density（也就是将压力维持在1atm，温度此时暂时设定为10K），等到盒子的体积不变的时候，再进行加热。问题是当dt = 0.02，体系还是会炸掉，所以我一直用的都是0.01的步长。
所以，我探索出来的正常的流程是这样的：
一 先构建乙醇 水 氯离子 钠离子的pdb文件
1 乙醇的
在薛定谔中画好乙醇的结构，保存为mol2格式，然后在antechamber中计算电荷，输入的命令为：
antechamber -i ethanol.mol2 -fi mol2 -o ethanol-amb.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0
然后
parmchk2 -f ethanol-amb.mol2 -o ethanol.frcmod 其实这里的frcmod文件是空的，因为不缺少参数‘
接下来，在leap中
source leaprc.ff14SB
source leaprc.gaff
loadoff ethanol.lib
a = loadpdb ethanol-amb.pdb
check a
savepdb a ethanol-leap.pdb
quit
这样子的话，乙醇的pdb文件就准备好了，最终乙醇的pdb就是这个ethanol-leap.pdb文件。
2 水
按照同样的方法载入力场信息之后，list，可以看到水的是TIP3PBOX，所以
savepdb TIP3PBOX tip3pbox.pdb
这样子的话，就存了amber中的一个水的pdb文件，但是这是一个水盒子，里边有216个水分子，所以删掉其他的水分子，只留一个水分子，另存为w.pdb。
这样子就有了水的pdb文件，也就是w.pdb。
3 钠离子和氯离子
list之后，可以看到氯离子和钠离子的名称分别是Na+ Cl-，所以
savepdb Na+ na.pdb
savepdb Cl- cl.pdb
这样子也就有了钠离子和氯离子的pdb文件。
二 先优化水和乙醇，确定好体积。
质量分数是百分之八十，所以乙醇和水的质量比是4:1.先根据质量比，跟各自的摩尔质量得到摩尔比，再乘以阿弗伽德罗常数（6.02 * 10^23），就是乙醇和水分子各自的个数。
由于考虑到盒子的收敛问题，以及最终需要确定的钠离子和氯离子的个数，以及在GROMACS中插入离子，太多会插不进去。最终我确定的乙醇的个数414个，水的个数是265个，GROMACS中的盒子变长是3.7nm。
所以只构建含乙醇和水的百分之八十的体系（不含离子）方法如下：
gmx editconf -f ethanol-leap.pdb -o box.gro -bt cubic -box 3.7 3.7 3.7 -c
gmx insert-molecules -f box.gro -ci ethanol-amb.pdb -ci 413 -o add-aol.pdb
gmx insert-molecules -f add-eol.pdb -ci w.pdb -nmol 265 -o add-w.pdb
这样子生成了一个满足水和乙醇要求的盒子，接下来就是在amber中优化，给达到满足要求的温度和密度，然后得到一个体积。
在amber中，载入pdb之前，在里边把gromacs加的盒子删掉，也就是把atom之前的那些盒子都删掉。载入力场什么之后，a=loadpdb add-w.pdb
check a ，
接下来必须给加个盒子，不然跑的时候，那些分子都会跑出来。而且这一步加的盒子必须合理，不能太大，不然体系会炸掉的。
用这个命令可以加入一个比较合理的盒子：
setbox a "centers" (这块也可以用”vdw“，centers的意思是，把原子中心置于盒子中心，而”vdw“的意思是将所有原子置于盒子中心，center比vdw加的盒子稍微小个几埃）
savepdb a a.pdb (用pbc box 在vmd中看这个盒子是乱的，盒子的一个角在分子的中心)
saveamberparm a .prmtop a.inpcrd
接下来在sander中进行优化，最小化一定要做好，本来就只跑了2000步，不行，后来我最小化了三万步。
这个是最小化的输入文件，应该注意的是，因为加了盒子，所以这里是ntb=1，恒定体积
接下来不加热，温度设定为10K ，进行density，dt就得弄成0.01，要弄成0.02，就炸了
这个是第第一次density的输入文件，值得注意的是，ntb=2,恒压，允许盒子体积改变，irest=0,重启模拟。
接下来有density2，
注意的是irest=1,ntx=5，不重启，读取之前的速度和位置。这儿一定得注意，之前就弄错了。
我试验了一下，density2.in五六次就够了，体积就不不变了，为了确定，我进行了九次。
接下来就是加热，为了安全性，我是50度50度加的热，总共加了6次。输入文件如下：
heat2 heat3 ----heat6都一样，只是把温度改了。
接下来又进行了prod.in
输入文件：
接下来，不管是看轨迹还是用end.prmtop和end.inpcrd生成pdb，都得去除周期性，不然的话感觉会不准。
轨迹去除周期性的方法：先构建一个prod.ptraj文件：trajin prod.nc
trajout prod_reimage.nc
image familiar
go
然后在命令行里输入：cpptraj -p end.prmtop -i prod.ptraj
由于我们要看体积，我只会生成pdb文件在第一行看盒子的尺寸。所以要生成最后一帧的pdb文件。如果用rst文件直接转的话，生成的是这样子的：
我是提取prod去除周期的轨迹的最后一帧另存为Pdb的。（怎么知道有多少帧？轨迹加载到VMD中，用VMD看）
cpptraj
>parm end,prmtop
>trajin prod_reimage,nc 500 500
>trajout prod_500.pdb pdb
>go
>quit
这样子就生成了一个包含盒子的pdb文件。
这里边的单位是埃，然后就乘。得到体积后，得到需要多少个钠离子氯离子的。我最后算出来是3个钠离子三个氯离子。
然后在GROMACS中插入离子，加上盒子之前，记得把pdb中本来的盒子删掉啊。接下来加盒子，正常插入就可以了。
然后跟上边的步骤一样：min，density，heat。prod，然后输出最后一帧的pdb文件，就是最终得到的和TIP3P一样的体系了。
接下来：构建DNA的体系
第一步：在XLEAP中给DNA加电荷，中和，生成一个DNA_neu.pdb文件。
第二步：删除生成的乙醇盒子的盒子信息，另存为一个pdb文件，命名为gen_box.pdb。
第三步：接下来在leap中载入，之后就是加溶剂，加盒子。
方法：
setbox unit “vdw”/“centers" ｛x y x｝
这个只加盒子，不加水。因为solvatebox没法设置盒子的三个边长，所以先用setbox加上盒子。
假如溶质的”vdw“尺寸是100 100 120，那么此时如果输入｛10 10 10｝，那么就是在这“vdw”的基础上加10，此时的盒子边长就是110 110 130
加好盒子之后，添加溶剂的命令是：
solvatebox soluite solvent 0
接下来在amber中跑的时候，在density即升压这一步，要跑够足够长的时间，因为乙醇的密度是0.8，要是想让体系没有缝，就要看out文件里的密度，使得体系最终的密度为0.8，rms波动那块为0.001才是体系平衡了，平均的密度也是0.8左右。density是一个跑完接着跑下一个，直到体系的密度为0.8左右。