在R中的箱形图上标注异常值
我想将矩阵的每一列绘制为箱形图,然后将每个箱形图中的异常值标记为它们在矩阵中所属的行名称。为了给出一个例子:在R中的箱形图上标注异常值
vv=matrix(c(1,2,3,4,8,15,30),nrow=7,ncol=4,byrow=F)
rownames(vv)=c("one","two","three","four","five","six","seven")
boxplot(vv)
我便想在每个小区离群值(在本例中30)作为行名称属于,所以在这种情况下,30属于第7行有一个简单的如何做到这一点?我已经看到类似的问题,但没有人按照我希望的方式工作。
在给出的例子中有点无聊,因为它们都是同一行。但这里是代码:
bxpdat <- boxplot(vv)
text(bxpdat$group, # the x locations
bxpdat$out, # the y values
rownames(vv)[which(vv == bxpdat$out, arr.ind=TRUE)[, 1]], # the labels
pos = 4)
这挑选具有等于在boxplot
结果中的“出”列表(即,异常值)值的rownames。 Boxplot调用并返回boxplot.stats
的值。看一看:
str(bxpdat)
如果有一个数据点是一个异常点而不是另一个点,那么如果存在两个不同方法的盒图,这是否不会错误地标记异常值? – 2013-03-03 00:47:34
欢迎您发表一个代表您的疑虑的例子。我只在发布的问题中看到一个boxplot。 – 2013-03-03 00:49:03
@迪文的解决方案非常适用于单箱线图,但对于任何失败,重复的值,就像我所创建的数据集:
#Create data
set.seed(1)
basenums <- c(1,2,3,4,8,15,30)
vv=matrix(c(basenums, sample(basenums), 1-basenums,
c(0, 29, 30, 31, 32, 33, 60)),nrow=7,ncol=4,byrow=F)
dimnames(vv)=list(c("one","two","three","four","five","six","seven"), 1:4)
在这个数据集, @迪文的解决方案为:
哪个是假的,因为在第4个例子,这是不可能的最小值和最大值是在T他同一排。
这个解决方案是可怕的(我希望可以简化),但有效。
#Reshape data
vv_dat <- as.data.frame(vv)
vv_dat$row <- row.names(vv_dat)
library(reshape2)
new_vv <- melt(vv_dat, id.vars="row")
#Get boxplot data
bxpdat <- as.data.frame(boxplot(value~variable, data=new_vv)[c("out", "group")])
#Get matches with boxplot data
text_guide <- do.call(rbind, apply(bxpdat, 1,
function(x) new_vv[new_vv$value==x[1]&new_vv$variable==x[2], ]))
#Add labels
with(text_guide, text(x=as.numeric(variable)+0.2, y=value, labels=row))
或者你可以简单地运行从this blog post代码:
source("https://raw.githubusercontent.com/talgalili/R-code-snippets/master/boxplot.with.outlier.label.r") # Load the function
set.seed(6484)
y <- rnorm(20)
x1 <- sample(letters[1:2], 20,T)
lab_y <- sample(letters, 20)
# plot a boxplot with interactions:
boxplot.with.outlier.label(y~x1, lab_y)
(其中处理多个离群它们彼此接近)
代码源不再有效 – 2016-07-06 11:23:13
谢谢@DavidPell - 我修复了它的使用:https://raw.githubusercontent.com/talgalili/R-code-snippets/master/boxplot.with.outlier.label.r – 2016-10-09 06:51:31
@塞巴斯蒂安-C 这似乎与更多的一般性工作
bx1<-boxplot(pb,las=2,cex.axis=.8)
if(length(bx1$out)!=0){
## get the row of each outlier
out.rows<-sapply(1:length(bx1$out),function(i) which(vv[,bx1$group[i]]==bx1$out[i]))
text(bx1$group,bx1$out,
rownames(vv)[out.rows],
pos=4
)
}
或者,你可以使用“箱形图”功能从{}车包,其中标签离群您的迪文的解决方案稍作修改。
请访问以下链接:http://www.inside-r.org/packages/cran/car/docs/Boxplot
容易得多!
链接没有使用的例子不构成答案;请提供示例代码 – MichaelChirico 2016-03-30 14:40:45
有一个简单的方法。请注意,Boxplot中以下行中的b是大写字母。
library(car)
Boxplot(y ~ x, id.method="y")
对不起,我们走了。 – user1836894 2013-03-03 00:35:15