发送打印输出到python中的新文件?

问题描述:

在我正在制作的程序的这一部分中,我将一个简单的字母序列转换为fasta格式。我需要采用这种fasta格式并放入一个文件格式,以便我可以将它发送到稍后将在代码中出现的程序。在第3行中,我创建了“fasta.txt”。我需要将第8行fastaform的输出放入该文件中。在最后一行,我试图做到这一点,但它不起作用,我不知道如何。我觉得这应该很简单,但我是新手。发送打印输出到python中的新文件?

infname = sys.argv[2] 
handle = open(infname, "r") 
file = open("fasta.txt", "w") 
for line in handle: 
     linearr = line.split() 
     seqid = linearr[0] 
     seq = linearr[1] 
     fastaform = (">%s\n%s\n" % (seqid,seq)) 
     print fastaform >> "fasta.txt" 

尝试

file.write(fastaform) 
file.close() 
+0

谢谢!我应该考虑这样做。 –