numpy.loadtxt“无法将字符串转换为浮点数”

问题描述：

我正在检查here中的代码。numpy.loadtxt“无法将字符串转换为浮点数”

运行代码时，我得到：

[[email protected]]$ python Needleman-Wunsch.py 
Traceback (most recent call last): 
    File "Needleman-Wunsch.py", line 92, in <module> 
     (alignedSeq1, alignedSeq2) = computeFMatrix(seq1, seq2, -6) 
    File "Needleman-Wunsch.py", line 34, in computeFMatrix 
     similarityMatrixMap = readBLOSUM50("BLOSUM50.txt") 
    File "Needleman-Wunsch.py", line 16, in readBLOSUM50 
     similarityMatrix = np.loadtxt(fileName, delimiter='\t') 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/npyio.py", line 827, in loadtxt 
     items = [conv(val) for (conv, val) in zip(converters, vals)]  
    ValueError: could not convert string to float: A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

再现这个小例子是：

import numpy 
numpy.loadtxt("data.txt", delimiter='\t')

与data.txt之中：

A R N D C Q 
A 5 -2 -1 -2 -1 -1 
R -2 7 -1 -2 -4 1 
N -1 -1 7 2 -2 0

您也可以the original BLOSUM50.txt file和完整的代码是从the link above。

删除BLOSUM50.txt的第一行给出了相同的错误。

我从根本上简化了你的问题。如果我做错了，请随时向我大喊。（最糟糕的是有一个“恢复”按钮。）这使得你的问题*更*更简单地说，但是，所以它可能是最好的你保持更改恕我直言。 – Veedrac 2014-10-06 08:55:02

你从哪里得到原始的'BLOSUM50'文件？这不是代码所期望的。 – Veedrac 2014-10-06 08:59:18

答

您只需更换loadtxt与

numpy.genfromtxt("data.txt", delimiter='\t', skip_header=True)[:, 1:]

这跳过头，转换列名nan，然后扒了他们。

答

问题是您正在读取文件中的非数字值。您需要指定要使用的列和你想跳过行：

similarityMatrix = np.loadtxt('blosum50.txt', skiprows=1, delimiter='\t', usecols=range(1,num_cols+1))

这与你之前发布的代码为我工作。：D

感谢您的评论，但变量'num_cols'未定义。它应该是数据文件中的列数，即20？但是，当我将它更改为20时，它会得到IndexError。 – Karyo 2014-10-07 00:03:48

它应该是21，因为第二个参数是排他性的。 – 2014-10-07 00:52:01

其实对于你以前的代码，被替换的行类似 similarityMatrix = np.loadtxt（fileName，delimiter ='\ t'，skiprows = 1，usecols = range（1，len（t）+1）） – 2014-10-07 00:56:36

numpy.loadtxt“无法将字符串转换为浮点数”

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