安装R bioconductor基因组软件包

问题描述：

我一直在尝试使用称为seqplots的工具来分析一些测序数据。该工具贯穿生物导体，需要安装基因组软件包。该Bioconductor的网站给出了如下的安装说明：安装R bioconductor基因组软件包

要安装这个包，启动R和输入：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6")`

如果我在R终端输入这个我得到以下几点：

BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.3), R 3.2.4 Revised (2016-03-16 
r70336). 
Installing package(s) ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 
installing the source package ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.2/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6_1.4.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 34147677 bytes (32.6 MB) 
downloaded 32.6 MB 

'\\icnas4.cc.ic.ac.uk\gaughey' 
CMD.EXE was started with the above path as the current directory. 
UNC paths are not supported. Defaulting to Windows directory. 
* installing *source* package 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' ... 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
*** arch - i386 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
*** arch - x64 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64' 
* removing '\\icnas4.cc.ic.ac.uk/gaughey/R/win-library/3.2/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 

The downloaded source packages are in 
    ‘C:\Users\gaughey\AppData\Local\Temp\Rtmpcdmz8E\downloaded_packages’`

我已经尝试安装其他具有类似结果的基因组，并且无法解决此问题。任何人都可以帮忙吗？我很可能忽略了一些简单的东西 - 我是一个R（或者任何编程）的完全新手。我将不胜感激任何帮助。

谢谢，加布里埃尔

尝试更新您的R版本和bioconductor。我可以毫无问题地安装它，而且我有'使用Bioconductor 3.3（BiocInstaller 1.22.3），R 3.3.1（2016-06-21）.'而您有'使用Bioconductor 3.2（BiocInstaller 1.20.3）， R 3.2.4修订'。 – Vandenman

答

作用似乎像也是同样的问题描述here，here和here。

我没有经验在Windows机器上使用R，但希望它可以帮助。

感谢您的评论。是的，似乎问题与R尝试使用网络驱动器有关。 –

不幸的是，虽然我现在明白了这个问题，但我并没有接近解决这个问题，因为看起来我只是一个简单的人，无法理解链接中的解决方案！对我来说，最好的解决方法是使用我的家用机器来制作这个特定的工具。 –

答

我建议您在尝试biocLite(pkgs = "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", dependencies = TRUE)之前尝试运行biocLite("BSgenome")和library(BSgenome)（它存储给定生物体的全基因组序列）。

安装R bioconductor基因组软件包

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