一个简单的pingpong程序测试mpi消息通讯的开销及并行计算通讯启动时间测算
一个简单的pingpong程序测试mpi消息通讯的开销及并行计算通讯启动时间测算
一个简单的pingpong程序测试mpi消息通讯的开销
随着科技的进步，集群单节点计算能力的提高，似乎通讯开销成了并行计算中dominant，再提高计算能力对于并行的增益似乎效果不明显，限制性能的瓶颈从处理器计算能力上转移到通讯开销上。显然，此时设法降低MPI消息通讯带来的时间消耗，成为了当务之急。
因此，写了一个极其简单的pingpong并行程序来测试消息通讯带来的开销。
基本思想
所谓的pingpong，顾名思义就是找一个数据包不断地在两个节点之间丢来丢去，想打乒乓球一样。
我们在程序中定义两重循环，外重循环定义数据量大小，从1kb到100m，涨幅为100kb，内层循环对于每一固定大小的数据跑100个来回，最后取平均值，作为这个大小的数据的传输时间。最后，以数据量大小为横轴，时间为纵轴，plot一下。
准备工作
我们连接了机房的两台电脑，作为实验环境。主要设置了SSH免密登录和NFS共享目录。
一个简单的代码如下：
/**
* pingpong程序，用于测试点点传送的速度
*/
//32位系统中，一个int占4B(sizeof(int))，1KB=250int，1M=250000int
//1M=1000kb，100M = 10e5kb
//使用N表示数据量大小为 N kb
//程序运行时，首先要把目录下的data.txt删除
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>
#include <string.h>
//#define N 4 //外层循环数据量大小改变，使用动态数组来实现
#define m 100 //定义pingpong的回合
#define debugflag 0
int main (int argc, char *argv[]) {
int myrank,i,nprocs;
double pingpongSize,aver_tcost,total_t,Ts[m];
double st, et, time_cost;
double N, Num_int;
int *pingpong;
char file_name[10];
MPI_Init(&argc, &argv);//初始化MPI环境
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);//获取总进程数
MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &myrank);//获取本地进程编号
MPI_Status status;
//int opposite_rank; opposite_rank = (myrank == 0) ? (1) : (0);
FILE *fp;
sprintf(file_name,"data_from_rank%d.txt",myrank);
fp=fopen(file_name,"w+");
// for(N=1; N<=1e4; N=N+1e3) {
for(N=1e-3; N<=1e5; N=N*2){
total_t = 0.0;
pingpong = (int*)malloc( N*1000);//开辟 N kb的内存
Num_int = ( N*1000)/sizeof(MPI_INT);
if(!pingpong) {
printf("创建pingpong失败！\n");
exit(1);
}
// int pingpong[N] = {0};//随便赋值
for(i=0;i<Num_int;i++)
{
pingpong[i] = 999;//赋值，并非必要
// printf("%d,%d",i,pingpong[i]);
}
// pingpong[0] = 999;
if(myrank==0)
{
printf("开始 %lfkb/1e5kb 数据传送……\n",N);
}
for(i=0; i<m; i++) {
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);//同时开始计时
st = MPI_Wtime();
if(myrank==0) {
MPI_Send (pingpong, Num_int, MPI_INT, 1, i, MPI_COMM_WORLD);
#if debugflag
printf("第%d回合:%d发送数据完成……\n",i+1,myrank);
#endif
}
if(myrank==1) {
MPI_Recv (pingpong, Num_int, MPI_INT, 0, i, MPI_COMM_WORLD, &status);
MPI_Send (pingpong, Num_int, MPI_INT, 0, i, MPI_COMM_WORLD);
#if debugflag
printf("第%d回合:%d接收和发送数据完成……\n",i+1,myrank);
#endif
}
if(myrank==0) {
MPI_Recv (pingpong, Num_int, MPI_INT, 1, i, MPI_COMM_WORLD, &status);
#if debugflag
printf("第%d回合:%d接收数据完成……\n",i+1,myrank);
printf("第%d回合succeed! The time of cost is %lf\n\n",i+1,time_cost);
// printf("一个int占用:%ld B",sizeof(myrank));
#endif
}
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);//保证进程1计算的时间也准确
et = MPI_Wtime();
time_cost = et-st;
total_t = total_t+time_cost;
Ts[i] = time_cost;
}
aver_tcost = total_t/m;
pingpongSize = N/1e3;//单位换算成M
// printf("%lf个int的数据量大小为%lf M!\n",N,pingpongSize);
fprintf(fp,"%lf,%lf\n",pingpongSize,aver_tcost);
free(pingpong);
if(myrank == 0){
printf("%lfM 数据包发送接收回合完成……\n",pingpongSize);
printf("%lfkb 的数据量的传送时间平均时间为: %lf \n\n",N,aver_tcost);
}
}
fclose(fp);
MPI_Finalize ();//结束MPI环境
return 0;
}
实验和结果
将实验结果，画一下图，如下：
从结果上可以看到，整体上看，通讯开销随着数据量大小呈现一个的关系，我们可以很容易地用线性函数去做线性fit，得到了T = 0.01711X+0.0004188这个这样一个关系，可靠程度：误差平方和为4.79e-6，均方根误差为0.0003263，确定系数约为1，说明这个拟合是很可靠的。
分析一波这个拟合结果，我们大概能知道每增加100m的数据，大概需要增加1.7s。所以，100M的数据，跑一百个回合，大概需要三分钟。
并行计算通讯启动时间测算
简述
我们知道，并行计算的消息传递不可能一上来就开始传数据，它是有一个启动时间的，就像游泳前的热身。那么这个启动时间是多少呢？又该怎么测算呢？
依然是pingpong的例子，只不过为了看出1kb之前的这个微小的数据变化段通讯时间情况，我修改了程序中数据量大小增加的情况，前面以double的形式从1B增加到1KB，往后，以5M为间隔，逐渐将数据量增加到100M。
数值实验
分别测定了双节点，和单节点的情况，结果如下。
双节点
首先使用两台节点跑了这个程序。
为了看到初始的那一小段的情况，我们将绘制的plot图（近似线性）在开始断不断地放到，最后发现，通讯时间在1kb左右的地方开始激增。
从图上，我们可以看出，最开始的一段有一个抖动，这是意外。为了更好地体现这种通讯时间前面一小段几乎水平不变，后面呈线性增长的这种“拐角”情况，我们不妨来画一下双log图来呈现。为什么用双log图呢？很容易想到，如果趋势是线性的，那么双log后，展现出来还是线性的，如果是常数关系，那么双log后还是常数关系。log函数能使数据在展现上变得更加均匀，避免了“头重尾轻，细节模糊”的情况。双log函数，能够将细节的地方的展现和刻画出来，结果如下。
可以看得出来，开始一段时间的通讯时间几乎没有改变，通讯启动时间大概为0.000165s，即0.165毫秒。
单节点
对于单节点，不涉及两台机器的通讯，我们重复了上面的测算过程，结果如下：
上面直接plot的图之后再方法局部的图，发现有一个比较反常的点，估计是跑程序的时候，受到了别的因素的干扰。如果去掉这个离群点来考虑，它也是有这样一种“前平后翘”的“对勾”走势。我们再来看看双log图。
双log图使数据呈现得更加“集中”，也使得原来离群得厉害的点变得那么不靠谱。从这里，因为开始时相对比较平坦（排除其他因素影响的情况下），我们假设开始那一段没有增长，姑且就可以把开始那段的值作为程序的启动开销。这里，可以看到，单击上，并行程序运行时，启动的开销大概为2e-6s，即0.002ms，基本上是两台机子通讯启动的百分之一。
由那些不正常抖动的情况来看，并行对于资源的要求还是很敏感的，比如说当你在跑程序时，有其他资源抢占了资源，就容易造成通讯开销的增加。